暗部的全称为“暗杀战术特殊部队”，是由二代火影建立的。它有些类似于才藏前世的特种部队，是村里子的特殊战力。
暗部的主要的工作有保护影或者其他重要人物的安全、暗杀以及刺探侦察情报等，由于任务的特殊性，成员在执行任务时都会戴上模仿动物的白色面具以遮掩自己的身份。暗部的队伍多为四人或五人小分队，由分队长统一转达命令和领导执行任务。一般情况下暗部都是由影直属，一切命令由影发布，木叶则多出了团藏手下“根”的成员组成的暗部小队，他们只听从于团藏的号令。三代让才藏加入的，当然是火影直属的暗部队伍。
才藏在一名戴着面具的暗部带领下，来到了一个偏僻的建筑中，这里就是暗部各部门的工作场所。才藏递上自己的文件，从装备部那里领到暗部人员专用的一套装备——服装、面具和短刀。从今天起，他从一个穿马甲的中忍，荣升为戴面具的暗部了。
由于其他的暗部小队暂时不缺人，所以才藏现在只能算是后备人员，平常三代会派给他一些单人任务，在别的小队执行任务需要援助他也会前往。
才藏接到的第一个任务就是协助别的暗部成员调查林之国的般若众是否真心与木叶进行结盟，这次任务的队长，正是木叶的拷贝忍者——卡卡西。
林之国只是一个小国，武装力量也比较弱，所以只能在各大国的夹缝之间寻求生存，这次他们的忍者般若众向木叶发出结盟意向，提出双方交换情报卷轴的请求，倒也是在情理之中。
但是为了安全起见，木叶高层派出阿凯他们小队携带卷轴前往林之国边境的同时，还打算派遣暗部特别行动小队前往，暗中保护己方和谈人员的同时调查对方结盟的诚意。
“卡卡西，这次任务将由夕日才藏来协助你完成，你再从你们小队抽调一人一同前往吧。”办公室里，三代给暗部的分队长卡卡西下达了此次的任务。
“是，三代大人，那么再加上我们小队的宇智波鼬，应该可以了。”卡卡西回答道。
“这次任务是团藏提出来的，就由他亲自跟你说明吧。”三代看了一眼旁边站着的团藏说道。
“此次般若众们的结盟请求十分突兀，我认为还是慎重一些比较好。如果对方真的是以结盟为目的双方进行情报交换自然最好，但如果这是对方的陷阱，那么就将他们全部铲除，一个不留！”团藏坚信武力才是解决纷争最有力的手段，因此一直看不上三代的和平外交政策。
“团藏！没有必要全部铲除吧。”三代觉得他的要求太狠了点。
“日斩啊，你的想法总是这么的天真。只有这样才能震慑那些怀有异心的小国，让他们知道，木叶绝不允许背叛！”团藏坚持自己的意见。
“……算了，希望般若众们好自为之吧。”三代也知道团藏说得有道理，挥了挥手，让卡卡西下去执行任务去了。
才藏接到命令以后，来到第三演习场与卡卡西会和。
“卡卡西前辈，初次见面，请多多指教。”才藏在木叶呆了这么些年还真是第一次与卡卡西见面。
“你就是才藏吧，我听鼬说起过你，他说他从未赢过你，我倒是挺期待你的表现的。”卡卡西还不是后来那副颓废大叔的摸样，现在的他是暗部的精英，三代的左膀右臂，正是个有为青年。
才藏和鼬都很熟了，俩人只是简单聊了几句，然后大家清点好行李便出发了。
由于他们是暗中前往，所以在赶路的过程中不能起火做饭，只能吃兵粮丸充饥，好在路途并不算太远，坚持几天后就到了木叶与林之国约定的和谈地点——两国边境处的一个峡谷中。
木叶方面是由阿凯他们小队出面与林之国的般若众交换卷轴，当阿凯看到对方递过来的卷轴时，马上就发觉到了不妥，用力将它踢到了半空中。卷轴随即散开，里面并不是什么情报，而是一个“爆”字。
“轰！”这一声爆炸，意味着这次的和谈完全是林之国的阴谋，卡卡西他们马上现身，开始执行任务。
“你们的任务已经完成，赶快离开这里，接下来由我们来接管。”卡卡西对身后的阿凯小队说道。
这时般若众已经撤到了峡谷上方，埋伏在那里的忍者一起现身，开始动手。
“土遁·岩石崩！”几名般若众一起释放土遁忍术，大块的岩石落了下来。难怪他们要把交换卷轴的地点选在此处，看来是一开始就打着活埋阿凯他们的目的。
“土遁·土流壁！”卡卡西迅速结印，双手按在地上，一面土墙从地面升起，挡住了落石。
“撤退！”阿凯让自己的队员先行撤离。
“你也快走！”卡卡西冲阿凯说道。
“任务还没有完成，我怎么能离开！”阿凯拒绝道。
而般若众的攻击并没有停止，再次施展出土遁·岩石崩。
“八门遁甲第五门——杜门，开！”随着一声暴喝，阿凯的身体立即便成红褐色，踩着落下的岩石像离弦的箭一般冲向峡谷顶端的敌人。
“仅凭体术就做到了这点……”鼬还是第一次见识到阿凯的速度。
“等一会再感慨吧，我们上！”卡卡西对才藏和鼬下达命令。
“撤！快撤！！”见己方的陷阱并没有干掉木叶的忍者，般若众的头领迅速下达撤退的命令，可是卡卡西他们却没有给般若众撤退的机会。
才藏和鼬在后面不断追杀落后的敌人，而卡卡西则堵在了他们撤退的道路上。
一声鸟鸣声响过以后，卡卡西的千鸟击穿了对方首领的胸口，而才藏和鼬也将后面的其他人斩杀殆尽。
“给你卷轴，这样你的任务也就完成了。”卡卡西将搜出来的卷轴交给阿凯。
阿凯接过卷轴正要说话，就听身后传来几声惨叫声，原来是才藏和鼬在将阿凯击败的敌人彻底杀死。