目前，在全球范围内，一个毋庸置疑的事实是，土壤的质量正在退化。尽管农民施用了很多的氮磷钾化肥，它们迅速而方便地替代了土壤在侵蚀过程中或在种植农作物过程中输出的许多营养成分，但是在发现增加化肥用量可以提高产量的几十年后，在许多国家，可种植的作物品种对化肥的接受效应达到极限，施肥也不再能够掩饰越来越严重的土壤退化。化学肥料不可能代替真正肥沃的土壤，它们不能给土壤提供包括有机物、微生物、昆虫、水等在内的一些基本成分。这些基本成分的相互作用，会为植物创造一种有益的环境。比较流行和有效的做法是让秸秆还田（秸秆还田的方式有多种，如翻耕、沤肥、生产沼气后以沼气渣追肥等），提高土壤中有机质的含量，防止土壤退化。我国一些地方有焚烧秸秆的坏习惯，应该敦促其改正。
