而此时被关押在海运局兵营里的应桂馨，里应外合利用江湖上和局里内部人员，趁着上海大战前的****之机，与其门徒内外应合，于7月中旬逃出囚牢，乔装打扮后去了青岛，蜗居在租界里深居闭门不出。后“二次革命”失败，国民党首脑纷纷流亡日本，应桂馨以为死对头死的死逃的逃，他的出头之日到了，便公开在报上发出《请平反冤狱》的通电，同时还拍电报给袁世凯，要求给他补偿。
可久久不见回音，应桂馨按捺不住了，就亲自赶到北京，住在同和旅馆给袁世凯写了一封信，报告自己已来到北京，要袁履行当初“授二等勋章、奖金50万元”的诺言。信发出后，他守在旅馆静等佳音。然左等右等，时过月余，那封信却是泥牛入海。
忽然有一天，有一个人来到同和旅馆，自称是总统府的。他找到应桂馨，恶声恶气地说：“大总统传话给你，赶快离开北京，以后不要再胡说八道了。这大洋两万，是大总统赐给你的。”说完丢下钱，转身走了。
应桂馨当官发财的梦想破灭了，自然气急败坏。于是他不但没有离京，反而整天招摇过市，逢人就讲刺杀宋教仁的功劳和袁世凯的奸诈无常。
应桂馨的举动当然逃不过袁世凯的耳目。袁世凯闻报后大为惊恐，命令立即除掉应桂馨。应桂馨听到风声，于1914年1月18日深夜急匆匆登上火车准备逃离北京。火车行到天津杨村时，两名男子走到应桂馨面前，故意踩了他一脚。应桂馨本是泼皮性格，当即破口大骂。那两人也不说话，掏出刀子就是一顿乱扎。待列车长接到报告赶去看时，应桂馨已身中数刀，气绝身亡。
赵秉钧被赐吞毒
与袁世凯、洪述祖一道谋划刺杀宋教仁的国务总理赵秉钧，案发后被上海报刊公布了他与洪述祖同应桂馨的往来密函。舆论一致指赵秉钧是宋案要犯，要求传其到案。上海地方检察厅于是发出传票，传赵秉钧到上海接受审讯。
赵秉钧大为恐惧，提出辞呈，随后称病躲进医院。他对心腹说：“我此时只求免职，方可免死，不免职非死不可。”7月间，他获准辞去国务总理，改任步兵统领兼北京警备地域司令官，同年12月调任直隶都督。
应桂馨在火车上被暗杀于杨村地段后，由于杨村属直隶管辖，赵秉钧出于例行职责，下令查拿凶手。他猜测这很有可能是袁世凯所为，便打电话给袁世凯，先是报告应桂馨被杀的消息，末了说道：“是否要彻查，请大总统指示。”
“是我派人杀了他的。”袁世凯直言不讳，“这个人太不识时务了，留着他是个祸种。”
赵秉钧一听，顿生兔死狐悲之感，不免有几分不平，自信自己毕竟当过国务总理，于是壮着胆子说：“他为大总统九死一生，大总统这样对待他，以后谁还肯替大总统做事？”
“啪！”袁世凯挂断了电话。赵秉钧呆若木鸡，后悔说了不该说的话。
忐忑不安的赵秉钧一连几个晚上失眠，致使头晕病复发，卧床不起，于是便向袁世凯告假疗养。
2月27日，一名“医生”来见赵秉钧，说：“奉大总统的命令专程来为都督治病。”随即递上一颗暗红色药丸，“这是专治头晕的，请都督马上服下，包叫药到病除。”
赵秉钧心生疑窦，犹豫不动：“多谢大总统关怀，我的病已好了，这药丸我收下了，待以后复发时再用。”
“医生”嗖地拔出手枪：“身体无病，心中有病，你自己有数，这药丸非立即服下不可，这是大总统的命令。”
赵秉钧脸色大变，知道是袁世凯要赐死自己。
“大总统的心太狠了！”赵秉钧长叹一声，把药丸送进嘴里，片刻，七窍流血而死。
赵秉钧死后，惯耍大奸伎俩的袁世凯下令拨给治丧费一万元，按陆军上将礼遇下葬，并重重优恤家属。这还不算，袁还亲自书写了一付挽联：弼时盛业追皋陶，匡夏殊勋懋管萧。可笑地把赵秉钧比作古代的良臣皋陶、管仲。
整个刺杀宋教仁的人，除了袁世凯和洪述祖两人，以下的要犯，全都没有落得个好的下场，算是告慰宋的英灵了。