终于停止了所有的进攻，战再也打不起来。从此议和拉开帷幕，其主体思想大致是，议和的条件，以及战后南北军合并后的各项议程。
南北议和就是在这种背景下进行的，袁世凯想摆脱南京政府的控制，江浙人士的代表与袁世凯的代表进行的谈判。独立各省的领导权大多不在同盟会手中，江、浙两省又面临光复会的竞争，若再失去对南北议和的控制，一旦和议成功，清帝退位，袁世凯当选大总统，同盟会将被边缘化。为扭转被动局面，同盟会方面双管齐下，化解危机：一面由陈其美策动各省代表会议的留沪代表，选举黄兴为大元帅，代行民国临时政府中央政务（后遭黎元洪及各省代表的反对，在南京重新选举黎元洪为大元帅，因谈判方不愿意建都南京，于是黄兴以副元帅代行大元帅职权；黄兴当元帅，也是为了牵制北洋军。正职为黎元洪。
这几日，清廷也感觉到很不对劲、开始派人调查。清廷张之洞揣摩袁世凯的心机很深，又有秘密的消息。知袁世凯无意做曾国藩，立马向载沣谏言，但是已经无力回天、袁世凯此时时，坐镇南北两地，早就是鱼归大海，载沣后悔的暗骂起自己来。
南北议和不出几天又拉开了第二次和谈，南方革命军要求了五项均被袁世凯同意，其五项为：（一）确定共和政体；（二）优待清皇室；（三）先推覆清政府者为大总统；（四）南北满汉军出力将士各享其应得之优待，并不负战时害敌之责任；（五）同时组织临时议会，恢复各地之秩序。
第二天，袁又安排了“关于清皇帝之待遇”、“关于满蒙回藏之待遇”两项提议案，当日议决条款，首项即为“开国民会议，解决国体问题，从多数取决。决定之后，两方均须依从”。意思就是清廷没有了国家实行政治的权利，仅能享受政府部门的优待，就是把你们都供养起来，清王朝其余的权利通通为0。
国民会议表决国体，清帝退位后袁世凯做民国首任总统，同盟会方面难以接受这样的结局。孙中山恰在此时回国，黄兴、陈其美等人考虑孙革命一生，眼看满清将倒，应给予其民国首任总统的职位，以示尊荣。“总理回沪后，黄兴、陈其美两人朝夕不离。十一月初七日保卫孙文，假哈同花园公宴总理。席次，克强、英士、稀薄胡子秘密商举总理为大总统，分途向各代表示意，计已定。但是北洋旧部众多，利用报社唤起舆论。
晚间复集总督府，会商政府组织方案黄兴、稀薄胡子，连夜召集各省代表开会，提出成立政府、改用中华民国纪元并改用阳历、政府组织采用总统制等，筹备选举临时大总统之事。为的是公平起见。希望孙文得意再职总统之位。
国民会议在上海开会，孙中山当选临时大总统后当即致电袁世凯解释情由：“文前日抵沪，诸同志皆以组织临时政府之责相属。问其理由，盖以东南诸省久缺统一之机关，行动非常困难，故以组织临时政府为生存之必要条件。文既审艰虞，义不容辞，只得暂担任。公方以旋转乾坤自任，即知亿兆属望，而目前之地位尚不能不引嫌自避；故文虽暂承乏，而虚位以待之心，终可大白于将来。望早定大计，以慰四万万人之渴望。”孙文迫与北洋军压力，同时袁党众多，只有将大总统打算给袁世凯担任。但是要求是必须建都南京。
袁世凯提出要求，要南京建都之地改为北京被拒绝。袁认为南方太无诚意，北京政府不能承认。不觉又施加压力给革命军。
当初孙中山抢在国民会议召开之前成立政府，意在迫袁世凯将他视为平等的谈判对手，增加推翻满清后政治权力再分配的筹码。他的目的达到了。袁世凯不得不与他打交道。清帝退位优待条件”和“南方如何兑现承诺”已成了最后的议题，后者成了决定和谈成败的关键。直隶、河南两省谘议局通过汪精卫转给孙中山一电，提出三个条件，头一条即是：“清帝退位后，能否举袁为大总统？”1月14日，孙中山在复电中保证：“清帝退位，共和既定，袁有大功，为众所属，第一条件自无不能。”第二天，孙中山又致电伍廷芳，请他转达袁世凯：“如清帝实行退位，宣布共和，则临时政府决不食言，文即可正式宣布解职，以功以能，首推袁氏。
孙袁斗法，一波三折；袁氏妥协，议和虽然成功，但失去的也多了。
就在孙中山信誓旦旦之际，接连发生的几件事，更加深了袁世凯对孙的不信任。
又过了几天孙中山忽然提出五条“要约”，命伍廷芳转达袁世凯，其中第二条：“在北京不得更设临时政府”；第三条：“得北京实行退位电，即由民国政府以清帝退位之故电问各国，要求承认中华民国彼各国之回章”。孙中山电邀伍、唐“入宁面商，以决大计”，伍、唐拒不赴宁。从1月18日至21日，孙向伍连发五电，修改所拟的“要约”，并向黎元洪转报：“现虽未列入正式谈判，而进行颇确。若清廷仍不肯就范，则再战有词”。1月22日，孙罕见地将“要约”公诸报端，以最后通牒之势向袁摊牌。袁世凯以孙提出的条件与以前协商的内容不符，拒绝接受，他认为：清帝退位后，倘各国未能即时承认中华民国，斯时北方诸省清帝统治权既已消灭，南方临时政府事实上又不能统一，中国便成无政府之状态，何以维持秩序，对付外人？如果孙中山非要为议和附加新条件，他将把所有谈妥之事，即时作废。
孙文迫于压力答应‘满洲之事如有意实行，在四日之内，汇一千万元并电告，即可与袁中止和议’。”其后，2月5日、6日孙中山致电森格催促日本方面答复。日方深恐借款给临时政府引起外国干预，2月8日，益田孝复电森格，没有允诺提供一千万元军费，相反劝孙中山及黄兴与袁妥协。
孙中山之所以节外生枝，甘冒议和破裂的风险，所恃全在借款，借款不成，只得言和。最后的谈判更像一场交易，孙中山为袁世凯继任大总统设置了许多条件，又在新内阁人选上讨价还价，袁企盼和议早成，屡屡向孙妥协，稀薄胡子、陈其美、王宠惠、······得以跻身总长之列（内阁设十位总长），加上由倾向同盟会的唐绍仪出任内阁总理，南方总算如愿以偿。
辛亥年腊月二十五（1912年2月12日），清帝下诏退位。袁世凯通电全国：“共和为最良国体，世界之公认。大清皇帝既明诏辞位，业经世凯署名，则宣布之日，为帝政之终局。”2月13日，孙中山向参议院辞职，并谘文参议院：“此次清帝逊位，南北统一，袁君之力实多且袁君富于经验，民国统一，赖有建设之才，故敢以私见贡荐于贵院。请为民国前途熟计，无失当选之人。大局幸甚。”2月15日，南京参议院举行总统选举会，以十七票（全票）补选袁世凯为临时大总统，并在通告袁世凯的电文中称他为“世界之第二华盛顿，中华民国之第一华盛顿”。
为了结束南北对立，1月25日，袁世凯及各北洋将领通电支持共和。2月12日，袁世凯清帝逊位成功，隆裕太后接受优待条件，清朝对中国的统治宣告终止，清朝结束了两百年的统治，从此覆灭。１３日，孙中山履行承诺，到南京临时参议院正式提出辞职，荐袁自代。2月15日南京参议院正式选举52岁的袁世凯为临时大总统。依据中华民国临时约法，改总统制为内阁制，大大削减袁世凯的权力，但袁坚持于3月10日在自己的地盘北京就职。