张治中接受了罗荣桓的建议，立即下令，卫戍南京的各部队马上裁汰老弱伤残，将其统一通过船只送离南京到江北一带，尤至于那些被拉壮丁的方式拉来的新兵，全部要甄别出来，按照自愿的原则，组建专事袭扰、疲敌和救护等任务的民兵队。同时，为了防止南京城内市民遭受日军屠杀报复，命令一律不准留在南京。
很快，各部队将裁汰后的最新兵力统计了出来，原本对外宣称有十五万的首都卫戍部队，结果大幅度缩水，除开自愿参加民兵队的三千新兵，由老兵组成的主力部队只有八万多人，而且大多建制残缺不全。
为此，张治中要求，各部进行统一整编，取消宪兵部队三个团的编制，全部打散补充入第36师、第87师和第88师三个德械师以及教导总队下辖的第103师和第112师各部，其余各部如第10军、第74军、第83军都要缩编为师一级编制，各级军官的职务虽降低，但仍保留各级军官的军衔。
三个德械师与教导总队各级军官作战素养较高，张治中没有什么好担心的，但是缩编后的另外三个师却存在比较大的问题，首先他们都并非中央军嫡系，作战素养较差，虽然为他们每个师都加强了武器装备，但是，因为淞沪会战损失不小，这三个师的士气极为低落，普遍缺乏作战斗志。为了加强这三个师的战斗力，在征求了徐源泉、俞济时和邓光龙这三个军长的意见后，教导师的大批军官和士兵（即PLA）被安插进了这三个师的基层作战连队，连师长副师长也由教导师的军官临时代理。
整编完毕之时，已经是当天下午，负责依托所谓的“国防工事”阻滞日军的各路****，已经陆续退守到了南京外围，日军各个师团势不可挡，一路攻占了无锡、吴兴、泗安、宜兴、常州和广德等地，唯一尚未被攻陷的只有江阴要塞——日军纠集了为数不多的军舰攻入长江，但是又在江阴要塞碰到了令他们头痛的水怪，又损失了不少舰船。
已被日本大本营任命为华中方面军司令官的松井石根，只好放弃长江水路进攻，决定先对江阴市发起进攻，完成对南京的战略包围后，再全线往南京推进。
趁日军进攻江阴要塞这难得的空隙时间，张治中有条不紊地部署南京市区及外围阵地，而被安插进第48师（隶属第十军）、第58师（隶属第74军）和第156师（隶属第83军）担任基层连队军官的教导师官兵们，则抓紧时间对所部进行整训，平易近人的作风与过硬的军事素质及技能，很快赢得了这三个师全体上下尊重。
由于现在历史出现了较大改变，历史上日军进军南京时，不但有大批战车坦克掩护，而且有海空方面空中力量的支援，但是如今，却因教导师的参与淞沪作战导致日军作战力量大损，所以，当日军攻陷江阴要塞完成对南京的战略包围时，已经是一周后，南京卫戍部队八万多人已经做好了积极防御准备。
之所以称之为“积极防御”，是因为张治中接受了参谋长罗荣桓的建议，不采取死守南京坐等日军来攻的消极防御办法，而是在南京周边积极发动攻势，以攻代守，予敌以大量有生力量的杀伤，仅留部分兵力留守南京。因为第48师、第58师和第156师整体士气低落，所以张治中将采取攻势的任务交给了他们，以期能在积极进攻中，通过一系列的胜利来提升士气。
第48师、第58师和第156师的三个代理师长分别是彭程、程亮和唐友铭，他们三人对采取积极攻势领会得最为彻底，在日军攻陷江阴要塞前夜，三个师已在各自的特战队配合下，悄无声息从日军各部队的结合部摸到了敌后，随后兵分多路，通过不断地以绝对优势兵力袭击击日军小部队，积小胜为大胜，结果越战越强，士气越来越旺。可以说，游击战术到了他们手上，那是发挥得淋漓尽致。
日军司令官松井石根为此头痛不已，如果不消灭这三个师，会攻南京根本就无法全力以赴，于是组织了几次清剿，但都以失败告终。
不过，随着上海日军各个师团赶到了前线，日军兵力越来越雄厚，这三个师面临的压力越来越大，而且弹药补给已成了问题，为了避免被日军反包围，彭程、程亮和唐友铭通过卫星电话（对讲机通讯距离有限，所以改用基地配备的卫星电话）联系，认为目前三个师数战数捷，士气已回升，可以回师南京布防了。
于是，在袭扰了日军三天后，三个师在留守南京的第36师和第87师炮火配合下，再次从日军两个师团的结合部完好无损地撤回了南京。
张治中亲自领着卫戍司令部的一干人员来迎接，大赞他们打得好，打出了中国军队的威风。徐源泉、俞济时和邓光龙这三个军长见自己的部队不但没有遭受太大损失，反而越战越强，士气旺盛，也是说不出地高兴，随后叫来自己的老部下，询问具体作战经过。
第83军第156师现任参谋长的姚中英最先对军长邓龙光道：“军座，你是不知道，咱们三个师摸到鬼子后方去了后，三个师这一分兵，我们156师就充分采取机动作战的方式，一击就走，绝不跟小鬼子纠缠，简直是可以用神出鬼没来形容，小鬼子给咱们三个师搅得晕头转向，部署全给打乱了。”
随即又将自己所经历的每场战斗都详细讲了一遍。说完，佩服地看了唐友铭一眼，道：“我原来还担心姓唐的这小子年轻识浅，难以担当大任，看来是我错了，这小子指挥的战斗简直无可挑剔！自淞沪战场撤下来，老子打小鬼子可从来没有这么顺畅过，小鬼子在自己面前简直就是泥捏的一样！对唐友铭这小子，老子没说的，服了！”
众人都笑了，邓龙光呵呵笑道：“我说你个姚中英，人家好歹也是代理师长，有你这么小子长小子短的乱叫么？”
唐友铭笑道：“邓军长言重了，姚参谋长德高望重，我毕竟是当晚辈的，叫我小子也应当。”
众人又是大笑，另外两个师的一些老部下也陆续表示，他们的代理师长打得非常出色，出其不意，攻其不备，缴获颇多，若不是缴获鬼子的弹药与部队装备的枪械不匹配，而各部队弹药即将告罄，还真想在鬼子的后方多打几仗。
教导师的骨干威力显现了出来，张治中在深入了解了这三个师的具体作战详情后，发觉就是三个德械师还有教导总队在很多方面都有不及，不论是在单兵作战素养，还是在指挥艺术能力方面，都有欠缺，于是向罗荣桓提议，希望从第48师、第58师和第156师中的教导师军官中抽调一批到三个德械师和教导总队。罗荣桓对此没有意见，随即，三个德械师和教导总队马上也被安插了部分军官，不过，这些军官只起顾问指导作用，并不赋予指挥权。
两天之后，也即是九月十六号，日军终于重新集结好兵力，再度完成了对南京的东、南、西三个方向的战略包围。此时，距离国民政府西迁重庆已过去了近两周的时间。而在九月十六号晚八点钟，日军司令官松井石根终于下达全线进攻的命令。
南京保卫战正式开始！
随后，日军第九师团、第十六师团和第十八师团兵分三路进攻，守在外围战略要地的****部队抵挡不住，纷纷撤退至南京外围一线阵地，守在外围一线阵地的正是第48师、第58师和第156师，在他们的坚决阻挡下，日军无法继续追击溃退的****部队，只能眼睁睁看着他们逃入南京。由于长江并未被日军海军封锁，所以这些****部队得以从容乘船撤退过江。
日军随后开始猛攻，由于一线阵地战线太长，兵力较为分散，工事也不完善，不利防守，彭程、程亮和唐友铭三人先后下令交替掩护后撤，到了三个德械师守御的南京外围二线阵地，这才停了下来，并迅速进入工事加强防御。日军第三个师团在炮火的掩护下，从三个方向展开猛攻，但都被中国军队采取灵活的战术与强大的火力击退。
战事进行到第二天中午，日军还是没能突破二线阵地，反而损兵折将，张治中亲临前线激励士气，当他来到第48师指挥所外的时候，就远远听见代理师长彭程正在和手下的军官们通话，分配任务。张治中走近了指挥部，门口的警卫正要通报，张治中向他挥了挥手，示意他不要作声，随即悄悄走到门口停了下来，仔细听彭程的部署。
听了一会，张治中不由得暗暗点头，教导师的军官果然个个不简单，对阵地防御战简直是比中央军校的军官毕业生还要精通，兵力武器配置非常有章法，尤其是这个彭程强调的重火力要保持机动性就非常有见地。
想着想着，张治中就忽然有些感叹，中共方面这一年多以来的发展简直超出了任何人的想象，各种轻重工业发展蓬勃，无论是经济农业还是教育科技，都走在了前面，反观国民政府，虽然占据了大半个中国，却民生凋敝，现在连武器装备还有飞机坦克居然都要从中共方面购买，真是讽刺啊！
“哎呀，司令官，您怎么来了？”
彭程的声音将张治中拉回了现实，张治中笑笑，走进指挥部夸赞彭程年轻有为，指挥有方，彭程有些不好意思起来，这时，前哨阵地突然打来电话，报告说鬼子又开始进攻了，而且出现了十几辆坦克。由于这是指挥****友军作战，所以教导师以前的战法很多无法用，因此，彭程有些不放心，打算去前哨阵地指挥。哪知张治中也来了兴趣，想看看他是如何打鬼子坦克的，彭程苦着脸道：“司令官，您就别去了，前哨阵地上危险！”
张治中摆摆手道：“军人打仗，哪有没有危险的！走吧！”竟然率先走了出去！
到了前哨阵地，鬼子的坦克已经开始蠢蠢欲动下进攻了。
张治中开始还真为彭程捏了把汗，鬼子一下子出动了十多辆坦克，后面还有大量步兵跟随，而且还出动了各类火炮往前沿阵地上轰，似乎压制得前哨阵地无法还击。但很快，张治中发现自己错了，因为他通过望远镜看到，前哨阵地的战壕内根本就没有几个兵，都躲在地表以下的防御工事里。
而让他拍案叫绝的是，前哨阵地的工事构筑得真是到位，虽说这里是外围的二线阵地，居然也有纵身配置！这外围的工事都是由罗荣桓负责挖掘的，真搞不懂他是怎么组织人手完成的！带着疑惑，张治中又将目光望向了远方，却发现鬼子的坦克已逐渐逼近了一个造型有点怪异的土垒，还没等他搞明白怎么回事，身边的副官突然扑哧一声笑了出来！
张治中疑惑地看了身边副官一眼，副官立即回过神来，道：“总司令，你看，那边的鬼子坦克一头栽倒，没法动了！”
“哦？”
张治中顺着他所指的方向望了过去，却见东边方向最先开上土垒的一辆鬼子坦克，由于开进速度过于快了点，在下土垒的时候，因为土垒坡度过大，一不小心一头栽了下去，成了乌龟一样四仰八叉地躺在了地面上。
张治中这才想明白这座土垒的奇特之处了。
原来，这道土垒离前哨阵地还有一百多米，高达两米的高度，正好挡住了进攻中的鬼子视线，尤其是对坦克内的鬼子驾驶员而言，更是难以看清楚土垒之后的情况，所以当鬼子坦克冲上土垒后，马上就会面临一个情况，那就是这个土垒朝向48师前哨阵地的方向坡度极大，一旦坦克速度过快，马上就会在惯性作用下一头栽下去！