X.com面临的技术问题随着用户的激增而日益恶化。该公司的网站每周都会崩溃一次，相关负责人要求大多数工程师开始设计一个新的系统，这项任务分散了核心技术人员的精力，并让X.com在网络诈骗行为面前不堪一击。斯托普尔曼说：“我们亏钱的速度快得惊人。”随着X.com越来越受欢迎，它的交易量暴增，这些问题就越发严重；银行和信用卡公司通过收取费用获得的利益就越多，初创公司所面临的竞争也就越激烈。
X.com缺乏一个具有凝聚力的商业模式来抵消这部分亏损，并通过资金管理扭亏为盈。鲁洛夫·博塔（Roelof Botha）是这家创业公司的首席财务官，现在则是风险投资公司红杉资本一名出色的风险投资家。他认为马斯克没有告知董事会X.com的真实情况。越来越多的人开始质疑马斯克在面临危机时的决策能力。
接下来发生的是硅谷历史上最为臭名昭著的一场政变。在帕洛阿尔托一家已经不复存在的芬妮与亚历山大酒吧（Fanny&Alexander）里，一小群X.com员工聚集在一起，开始就如何推翻马斯克展开了头脑风暴。[4]他们决定怂恿董事会请蒂尔回来担任CEO。不同于跟马斯克直接交锋，列夫金和共谋者决定背着马斯克偷偷行动。
马斯克与贾斯汀已经于2000年1月结婚，但因为一直太忙就把蜜月搁置了。9个月后的2000年9月，他们计划了一场集商务和休闲目的于一体的筹款之旅，并打算在奥运会主办城市悉尼度蜜月。就在他们登机的那天晚上，那些对马斯克失去信心的高管向X.com的董事会递上了请愿信。一些忠于马斯克的人感觉情况不妙，但为时已晚。“那天晚上10点半我去了办公室，发现所有人都在那里，”阿肯布兰特说，“我简直不敢相信。我发疯似的给埃隆打电话，但他在飞机上。”当飞机落地的时候，马斯克已经被蒂尔取代了。
当听到消息知道出事了，马斯克马上搭乘下一班飞机回到帕洛阿尔托。“这令人震惊，但我不得不承认他将这件事情处理得很好。”贾斯汀说。一开始，马斯克试图反击，他敦促董事会重新考虑这个决定。但是当他发现公司已经明显撇开他继续向前走的时候，马斯克的态度便缓和了。“我跟莫里茨和其他几个人交谈过，”马斯克说，“并不是我多想当CEO，而更多的是‘嘿，我觉得有一些重要的事情应该去做，如果我不是CEO，我不确定是否会有人去做这些事情’。然后我又去找麦克斯和彼得沟通，但他们似乎对此很有把握。所以，我的意思是这不是世界末日。”
许多在X.com就与马斯克长期共事的早期员工，对于眼前发生的事情或多或少表现得无动于衷。“我的确感到消沉和愤怒，”斯托普尔曼说，“在我眼里埃隆就像摇滚明星一样。我虽然嘴上直言不讳发生的一切，但我也深深明白，公司现在的发展态势就像腾空的火箭，一切运转良好，这个时候我是不会打算离开的。”
2001年6月，马斯克在公司的影响力迅速消退。当月，蒂尔将X.com更名为PayPal。马斯克通常都会睚眦必报，但这一次，他表现出了惊人的克制。他接受了作为公司顾问的角色，并继续向它注资以增加自己的股份，成为PayPal的最大股东。“你可以设身处地站在埃隆的位置去想，他更有可能愤恨和斗气，但他没有，”博塔说，“他支持彼得，表现得就像一个王者。”
接下来的几个月对于马斯克的未来至关重要。互联网大潮迅速退去，人们都在想方设法套现。当eBay的高管开始接触PayPal商量收购时，大多数人倾向于尽快卖掉。马斯克和莫里茨敦促董事会拒绝大多数的收购要约，并采取观望态度以获得更高的价格。PayPal每年有2.4亿美元的营收，有望成为一家独立公司并寻求上市。马斯克和莫里茨的坚持获得了回报，而且收购价格提高了。2002年7月，eBay出价15亿美元收购PayPal，马斯克和董事会其他成员接受了这笔交易。马斯克从出售给eBay的交易中净赚约2.5亿美元，交完税后还有1.8亿美元。这笔钱足以实现他的那些狂野梦想。
PayPal的这段经历对于马斯克来说可谓悲喜交加。在那场交易后，他作为一个领袖名誉扫地，而媒体则第一次把矛头指向了他。埃里克·杰克逊（Eric Jackson）是Con·nity的一名早期员工，他于2004年写了一本书，名为“Pay Pal战争：eBay战争、媒体、黑手党和其他的一切”，详细叙述了公司的动荡历程。这本书将马斯克描述成一个极端自私、故步自封的混蛋，在每一个紧要关头都会做出错误的决定；并将蒂尔和列夫金描绘成英雄般的天才人物。科技行业的小道消息网站“硅谷八卦”（Valleywag）也加入打击马斯克的行列。批评的声音开始出现，人们的质疑集中在一个方面——马斯克是否真的可以算作PayPal的联合创始人，还是只是躲在蒂尔的燕尾服后面，浑浑噩噩等着发工资。这本书连同那个博客网站的帖子，驱使马斯克在2007年写了一封长达2200字的邮件给“硅谷八卦”，直接表明了他对这些事情的看法，以正视听。
