阿蒙霍特普四世即埃赫那吞，他大刀阔斧地进行改革，不断提拔新人改造旧有的官员结构，崇奉阿吞神而鄙弃原来的主神。
为了减少阻力，他废弃旧都底比斯，将首都迁至尼罗河东岸的阿玛尔那，命名为埃赫塔吞。埃赫那吞试图用新的一神教代替传统的旧宗教，削弱旧的僧侣集团势力，加强君主专制。但改革所遭到的阻力远远超过埃赫那吞的想象，在他死后不久，一切改革被废除。
在古代埃及，神庙具有特殊的功能。它传达神的意志，成为维系整个官僚机构具有共同信仰而不使其分裂的重要因素。神职人员既是神的使者，是沟通人与神的中间渠道；又是古埃及文化的掌握者，为国家培养一批批知识分子。阿蒙霍特普四世在位期间，冲破传统宗教势力，掀起了一场宗教改革。这次改革虽然失败，但在埃及历史上却是一件影响深远的大事。
王权与神权的摩擦历任埃及国王总是在征服中将部分战利品奉献给神庙，神庙的财富不断增多。随着祭司集团经济地位的提高，他们的政治野心也逐渐膨胀起来，不再甘心作王权的附庸，而想控制王权。这不仅危及其他世俗贵族的利益，而且对王权也造成了威胁。广泛的政治权力被阿蒙高级僧侣染指，必然引起国王的警惕，希望能够摆脱僧侣力量对国家政治的束缚。早在阿蒙霍特普三世时期，这种情况已经初显端倪。作为对祭司势力的回击和警告，阿蒙霍特普三世撤销了祭司普塔赫摩斯兼任的维西尔职务，而任命了一位非祭司集团的世俗官员拉莫斯担任维西尔，这使王权与神庙祭司的矛盾开始浮出水面。
阿蒙神庙势力对王权的严重威胁，不仅使国王对阿蒙神庙祭司产生了疑虑，而且也对阿蒙神的信仰本身发生了动摇。要想扳倒祭司集团，首先要降低其传统的神圣地位。图特摩斯四世在位时期，一个古老的太阳圆盘神阿吞神便被抬了出来加以崇拜。在一次对西亚的纳哈林远征胜利后留下的纪念性铭文中，图特摩斯四世把胜利归于阿吞神的保佑，而不是像以前那样把胜利归于阿蒙。阿吞神获得了国王赠送的战利品。这件事情起初并不十分引人注目，但它已经发出了一个信仰转换的信号。阿蒙霍特普三世违背祭司的意愿，娶了一位出身平民的女子泰伊为自己的王后。以往的国王婚配往往受到祭司的干涉，阿蒙霍特普三世在婚姻中破除传统的举动，显然是对阿蒙僧侣影响力的贬抑。不仅如此，阿蒙霍特普三世比图特摩斯四世更加明显地表达了对阿吞神的崇拜。他在底比斯为阿吞神修建了一个豪华的神庙，他的卫队用阿吞神的名字命名。阿蒙霍特普三世曾为王后泰伊修建了一个游乐湖，他同王后一起乘坐一艘名为“阿吞的闪光号”的游艇泛舟湖上，其用意也是十分清楚的。
阿蒙神庙的祭司们感觉到了地位的动摇，但他们并不甘心退缩，而是主动出击，想方设法干预王权。他们企图插手王位继承，不让有宗教叛逆之心的阿蒙霍特普四世继承王位，企图扶植一个对祭司言听计从的傀儡上台。这使阿蒙霍特普四世（前1379～前1362在位）对阿蒙祭司再也无法容忍，采取了果断的措施，同阿蒙神庙势力进行公开的斗争，大刀阔斧地掀起了一场宗教改革。
宗教改革
阿蒙霍特普四世改革的核心是对阿吞神的崇拜，他竭力宣扬阿吞神是唯一的和最高的神，是栩栩如生的太阳圆盘。作为唯一一个造物主，阿吞神创造了大地、动物和人类，还有食物和一切必需品。
他提出废除对阿蒙神和其他一切神的崇拜，而只准崇拜阿吞神。阿蒙霍特普四世在底比斯的卡尔纳克神庙的东边围墙外建筑了阿吞神庙，命名为“阿吞之家”，而后底比斯被称作“阿吞的灿烂的城市”。
阿吞神新的神庙的建设和装饰是在国王与阿蒙神的斗争中完成的。阿蒙霍特普四世发出命令，没收阿蒙神庙和其他一切神庙的财产，将这些财产全部转交给阿吞神庙，并去掉一切建筑物上的阿蒙字样。为了彻底摆脱阿蒙神庙祭司的控制和影响，将改革推向深入，他果断地将首都从底比斯迁到埃及中部的阿玛尔那，将新都取名为“埃赫塔吞”，意为“阿吞的视界”。阿蒙霍特普四世还将自己的名字改为“埃赫那吞”，意为“阿吞的光辉”。由于去掉了宗教礼仪的沉重包装，王权发展为个人崇拜。埃赫那吞自称是阿吞的儿子，他和他的王后是阿吞和人民之间唯一的传言人，因而同阿吞一样受到人们的敬仰。
埃赫那吞在改革初期曾得到军事行政奴隶主，以及当时的中小奴隶主阶层——涅木虎的支持。涅木虎出身于贫贱、低下的自由人，在对外战争中，他们效忠国王，立下很多战功，不断受到嘉奖和提拔，担任军事、行政和经济长官。涅木虎集团或阶层同阿蒙神庙祭司集团有着不可调和的矛盾。在战争中，军队为帝国的扩张立下了汗马功劳。在国家事务的管理中，行政官吏们忠于职守，维护着帝国机器的正常运转。但是他们得到的回报与神庙相比却微不足道。神庙祭司插手世俗政权，担任维西尔等高级职务，阻断了世俗奴隶主的发迹之路，这不能不引起世俗奴隶主的嫉恨。他们希望能够遏制神庙的权力，因此联合起来支持王权，支持埃赫那吞的改革。
埃赫那吞擢拔了一些出身中下层奴隶主的人担任了高级官吏。有一个名叫马伊的涅木虎就担任了大臣的职务，这在祭司把持大权时期是难以想象的，因此马伊对埃赫那吞充满了感激之情，在马伊的铭文中，自豪地叙述了自己地位的上升情况，表达了对改革措施的拥护：“我——按父母双方来说都是涅木虎，君主玉成了我……而（先前）我是一个没有财产的人。他是使我得到（很多的）人。我提拔我的兄弟们，他使我的所有的人都关心我。当我成为一村之长时，他下命令，使我兼任大臣之（职）和‘王友’，而（先前）我曾（要过）面包。”涅木虎的支持成了埃赫那吞改革的重要动力。
埃赫那吞的宗教改革在文学艺术领域也有所反映。为了配合宗教上的改革，他在文学艺术领域推出一批具有新的题材和风格的作品。这场改革是一场以宗教改革为中心，涉及了文学艺术、国家行政等方面的社会改革。埃赫那吞所倡导的雕刻和绘画完全是一种新的风格。他以前的国王，形象大都是神秘的、完美的。而埃赫那吞的造像则反映了人性化的一面，与孩子玩耍、拥抱妻子，这些都在艺术上有所反映。而这些画面往往有一个光芒照耀的太阳为背景。他的家庭成员的头颅都表现得又大又长，其中也包含着特殊的宗教意味。他还主张摈弃已臻成熟的语言形式，倡导将方言、口语书面化，他自己还以这种要求创作《阿吞大颂歌》，来赞美阿吞的伟大，描述阿吞的创造力，同时也歌颂作为阿吞儿子的埃赫那吞。
埃赫那吞用阿吞神替代传统的阿蒙神及其他信仰，这在宗教史上是第一次。改革措施表明埃赫那吞同以阿蒙神庙祭司为代表的神权势力决裂了。但是埃赫那吞改革并不是也不能完全摆脱神权，他只不过是用一种新的神权代替固有的祭司的权力。在当时的社会条件下，王权必须同神权结合，才能维护其统治，埃赫那吞不可能跳出这个政治怪圈。
改革失败
埃赫那吞虽然以国王的身份领导了这次改革，但是仍然遭到神庙祭司势力和站在他们背后的世俗贵族的激烈抵抗。他们是旧秩序的既得利益者，不会同意改变带给自己财富和光荣的旧制度，因此千方百计阻挠和破坏改革。反对改革的势力极为强大而富有经验，他们向住在底比斯的埃赫那吞的母亲泰伊太后游说，让她去对埃赫那吞施加压力，逼迫埃赫那吞放弃改革。更有甚者，这些反对改革的力量还勾结起来，在西亚鼓动埃及的属地反叛埃及，甚至图谋刺杀埃赫那吞以终止改革的进行。
改革期间，埃及的对外战争停止了，军队得不到战利品，更得不到赏赐，因而军队对改革逐渐产生了对抗情绪，对改革丧失了先前的热情而不再支持改革。军队总司令郝列姆赫布借口军务繁忙而拒绝到新都埃赫太吞去。军队的离心使埃赫那吞的事业丧失了坚强的后盾，对改革无异于釜底抽薪。埃赫那吞改革，因忙于内部斗争而无暇顾及其在西亚的属地，于是一些属地宣布独立，另一些则被乘虚而入的小亚强国赫梯所吞并。仍然忠于埃及的一些属地的王公们曾多次求救于埃赫那吞，要求得到保护，但埃赫那吞将全部精力用在改革上，无暇顾及这些忠实的属地王公，甚至还指责他们干扰了改革。这样，埃及的西亚属地陷于一片混乱，国内的反对势力又以此大做文章，使改革更加被动。
民众没有从改革中得到任何实际的好处，相反却因修建新的首都而加重了负担。埃赫那吞将自己打扮成另一个神的儿子，但这套神学机构刚刚建立，还不可能强大到维护统一，这就不可避免地在信仰上引起了一定的混乱。人们对信仰的改变也不会很习惯，他们对改革缺少热情，甚至连王室内部也发生了分歧，这一切导致改革陷入困境。埃赫那吞在统治后期，因顶不住巨大的压力而开始动摇妥协，他派共治者施门克赫卡勒去底比斯当人质，希望能够得到持不同政见者的谅解和信任，施门克赫卡勒在底比斯一直到死也未再回埃赫塔吞。王后涅菲尔提一直是改革中的支持者，也因与埃赫那吞发生了不和，而从王宫搬出，迁到城北的另一个王宫去住，这使埃赫那吞众叛亲离，陷入进退两难的境地。
埃赫那吞死后，他的继承人图坦卡蒙不得不摈弃了阿吞神，恢复了对阿蒙神的信仰，归还了阿蒙神庙被没收的财产，首都也从埃赫塔吞迁回底比斯。此后的法老继续了这一基本政策，埃赫那吞苦心经营的宗教改革被彻底葬送了。
改革失败后，世俗政权又和阿蒙神庙势力达成妥协，对神庙势力更加依赖。阿蒙神庙及其他神庙势力复辟后，气焰更加嚣张，对改革派进行无情的打击。支持改革的涅木虎受到残酷的迫害，他们的权力被剥夺，财产也被没收。在恢复阿蒙信仰的同时，僧侣、贵族等对阿吞神的信徒进行了迫害和报复。数千名阿吞信徒被处以各种刑罚，有的被流放到荒无人烟的沙漠，有的被处以磔刑，有的被处以绞首刑，有的被处以火烙刑，更有甚者被活埋。而这些残酷的刑罚竟然被说成是为了阿蒙神的光荣而进行的伟大审判。
