那么为什么吴晗需要保护呢？原来是他在1959年6月，即庐山会议之前，为响应毛泽东的宣传海瑞精神的号召，已写了《海瑞骂皇帝》的文章在《人民日报》发表。1960年他又应北京京剧演员马连良之约，写了《海瑞罢官》的剧本。《海瑞罢官》上演后，毛泽东高兴地在家中观看了马连良演出的这个戏的片段，并称赞说：戏好，本子也写得好。但是到1962年，长期称病而又不甘寂寞的江青向毛泽东提出《海瑞罢官》有问题，要批判，但是没有被毛泽东接受。她去找中宣部和文化部的4位正副部长，提出可批此剧，也被拒绝。两年后即1964年，康生去见毛泽东，面陈要批《海》剧，他说：“主席在八届十中全会上讲过，现在利用小说反党，是一大发明”，“我想到当时演的一出戏，是不是也是这个问题……就是‘海瑞罢官’”、“这出戏跟1959年庐山会议有关系，这不是偶然的巧合，是有意的配合。这出戏的内容，从始至终都贯穿着一个思想，就是替彭德怀鸣冤叫屈。”这时，由于毛泽东对国内国际形势的错误判断越来越严重，所以听了康生的话后他开始改变了态度。几天后，江青又火上加油，她对毛泽东说：“吴晗算不了什么，是别人拿他当枪使，真正的危险人物，是隐藏在幕后操纵他的人”，“吴晗是北京市的副市长，而北京市的‘太上皇’是彭真……”
在毛泽东主持下，江青又专程去上海找到张春桥，再由张春桥物色姚文元写成了《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》。此文在《文汇报》发表后，由于是背着中央政治局大多数人和有关部门秘密写好的，所以彭真等不了解背景，没有指示全国报刊马上转载，因此出现了除华东几家报纸转载外，而其他地方报纸在10多天内均未转载的情况。11月下旬，彭真由外地返京，着手处理转载问题。这时他虽从上海回来的罗瑞卿那里了解到一些内幕情况，但在听取《红旗》杂志的汇报后，仍指示：中央报刊是否发表批判吴晗的文章，还要再考虑一下。他指示北京市委书记处开会讨论转载问题；并说：“吴晗性质不属于敌我矛盾，对姚文元文章错误的地方也要批判。”而且彭真又于1966年2月3日主持召开了五人小组扩大会议，会上彭真发言时说：“吴晗的问题是学术问题。与彭德怀没有关系”，因此不要提庐山会议，他还提出：“学术批判不要过头，要慎重”等等。根据会议讨论意见拟定了《文化革命五人小组关于当前学术讨论的汇报提纲》（简称《二月提纲》）。《提纲》的指导思想是针对当时的斗争焦点，反对将学术问题搞成政治问题。2月8日，彭真、陆定一与康生等去武汉亲自向毛泽东汇报，毛泽东没有表示不同意见。2月12日，这个汇报提纲以中共中央文件的形式批发全党。但不久，毛泽东就否定和批判了《二月提纲》。3月30日，在一次会议上，毛泽东指责五人小组的汇报提纲是错误的，指责中宣部不支持“左派”，是“阎王殿”，要“打倒阎王，解放小鬼”。
毛泽东的表态，使形势急转直下。4月中旬，中共中央书记处在北京开会。会议决定：第一，起草一个撤销并彻底批判《二月提纲》的通知（即后来的“五一六通知”）；第二，成立文化革命文件起草小组（即后来的中央文革小组），4月下旬，彭真被停止工作。5月4日至26日，召开了由刘少奇主持的中共中央政治局扩大会议。会上康生、张春桥等罗列了彭真的罪状：从北京各报不转载姚文；姚文印成小册子后，北京新华书店不表态一直到揭露彭真历史上的“问题”，以及搞修正主义，甚至要搞反革命政变等等。会上彭真作了检讨，但同时也讲“至于搞政变、颠覆中央、里通外国等罪恶活动，我连做梦也没有想到。至于我同罗瑞卿、同陆定一有没有反党的联系，请中央审查”。
这次中央政治局扩大会议之后，林彪、江青一伙又强加给彭真以“彭真、刘仁反革命修正主义集团”、“二月兵变”、“畅观楼事件”等莫须有的罪名，未能得逞。此后转入审查彭真1929年被捕中的一些问题。1975年5月21日，中央专案审查小组作出结论，定彭真为“叛徒”反党分子（中央没有审批）。
十一届三中全会之后，经中组部复查、中央于1979年2月17日发出通知认为：彭真1929年6月在顺直省委工作时，由于叛徒出卖在天津被捕，被捕后政治上是坚定的；在工作中成绩是主要的。中央决定：林彪、江青反革命集团强加给彭真的种种罪名和一切诬蔑不实之辞，均应予以推倒，并决定恢复彭真党的组织生活，分配工作。关于罗瑞卿的问题，他与彭真几乎是同时被批判的。他的主要罪状有两条：一是“极端仇视毛泽东思想”，反对“突出政治”；二是有野心，要夺林彪的权。
罗瑞卿当时任中共中央书记处书记、国务院副总理、军委秘书长、中国人民解放军总参谋长。他是在庐山会议后，由林彪向中共中央提名，以公安部长调任总参谋长的。起初，林、罗工作上相处尚可，但从1961年起就有些矛盾。1964年后，林彪在一些重要问题上对罗瑞卿十分不满，甚至恨之入骨。
对于1964年的军事训练，林彪说：“军事训练搞得太突出，时间占得太多，军政工作比例有些失调，冲击了政治。”罗瑞卿说：“是建国以来最好的一年”，“气可鼓不可泄，就是不要泼冷水”。
对于军事训练和政治的关系，林彪说：“军事训练不能冲击政治，相反政治可以冲击其他”，“政治冲垮了，一切都垮了，军事训练也垮了”。罗瑞卿说：“红与专是辩证的关系”，“政治好了，也要把其他工作搞好”，“政治工作要保证完成训练和各项任务”，“否则，天天讲突出政治，业务工作总是搞不好，提不高，那就是毛主席所说的空头政治家”。这就被诬为反对“突出政治”。至于林彪提出的“最高最活”，罗瑞卿说：“不能这样讲，最高，难道还有次高吗？最活，难道还有次活吗？最高最活，不好理解。”至于林彪提出的“顶峰”，罗瑞卿说：“这不符合毛泽东思想，难道马列主义、毛泽东思想就不再发展了？”这就被诬为“极端仇视毛泽东思想”。
林彪、罗瑞卿在上述一系列问题上的对立，使林彪感到要想篡夺军权，必须排除掉罗瑞卿。于是由叶群造谣，说他于1965年2月14日、15日指使原空军司令员刘亚楼向叶群提出四条意见，核心是让她劝林彪“再不要多管军队的事情”，“一切交给罗瑞卿去管”。林彪、叶群还指使吴法宪于同年12月25日，用给林彪写信的手法，诬陷罗瑞卿有“篡夺军权的野心”，致使罗瑞卿遭到残酷批斗。
毛泽东听信了林彪、叶群的诬告。1965年12月，毛泽东在上海主持召开的中央政治局扩大会议上根据吴法宪等人的诬陷材料，罗瑞卿被停止了领导职务，隔离审查。罗瑞卿于1973年底，初步获得人身自由。1980年5月20日，中共中央发出为罗瑞卿平反的文件，宣布撤销1966年5月16日《中央批转中央工作小组关于罗瑞卿错误问题的报告》，受株连的同志也予以平反、恢复名誉。
陆定一当时是中央政治局候补委员、中央书记处书记、中央宣传部长。1966年3月底，毛泽东指责中宣部是“阎王殿”，要“打倒阎王，解放小鬼”，那么作为部长的陆定一自然就是“阎王”，其厄运也就注定了。后来又加给他把“活学活用毛泽东思想”骂成是“实用主义”、“庸俗化”、“简单化”，又说他在文化大革命问题上的立场和观点“同彭真完全一致”等罪名。造成他被打倒的直接原因是所谓“攻击和辱骂”林彪和叶群。其实，真正的原因是陆定一的夫人严慰冰出于义愤，曾多次写匿名信揭发叶群的不正当男女关系问题，写的主要是生活问题。林彪抓住此事硬说陆定一是幕后指使人，并把这同所谓“搞政变”硬扯到一块，必欲除之而后快。5月，中央政治局扩大会议期间，林彪在会上发表有名的《五一八讲话》，他以古今中外的大量事例，说明“世界政变成风”，证明毛泽东正确。他说：“最近有很多鬼事、鬼现象，要引起注意。”“可能发生反革命政变，要杀人，要篡夺政权，要搞资产阶级复辟，要把社会主义这一套搞掉……”“他们现在就想杀人，用种种手法杀人，陆定一就是一个，陆定一的老婆就是一个……”
中央政治局扩大会议之后，经中央批准，对陆定一进行隔离审查。1968年5月23日陆定一被逮捕入狱。
1975年10月9日，中央专案组向中央报送了《关于陆定一问题的审查报告》，认定陆为“阶级异己分子”、“反党分子”、“内奸嫌疑”，建议清除出党。据此，中共中央于1975年12月11日发出《关于陆定一问题的决议》。十一届三中全会后，中组部遵照中央指示进行复查，证明陆定一是“文化大革命”中遗留的一桩重大错案。1979年6月8日，中共中央宣布为陆定一平反，并决定撤销1975年中央《关于陆定一问题的决议》。杨尚昆当时是中共中央书记处候补书记、中央办公厅主任。他根据中央的规定，在一定场合为毛泽东的重要讲话安排录音，以便存档，但被诬陷为对毛泽东搞“窃听”和“秘密录音”，另一条罪名是泄露党的大量机密文件和档案。林彪、康生、江青等人还诬陷杨尚昆领导的中央办公厅是“黑窝子”、“烂摊子”，由此被立案审查者达数百人之多。
中共十一届三中全会后，中央办公厅写了复查报告，经中央书记处批准给予彻底平反。1980年10月23日，中共中央办公厅发出通知：撤销1966年5月24日中央文件对杨尚昆的错误指责及1978年11月22日中央专案组对杨尚昆的错误结论；撤销1967年12月13日中央文件对中央办公厅和杨尚昆的指责。复查报告指出：“杨尚昆同志原在中央机要室的录音工作而从来没有搞过阴谋活动。”所谓抄录档案问题，是由于编写党史、军史、战史的需要而对档案资料的正常利用，不存在什么“泄密”问题，完全是强加的罪名。因上述问题受株连的同志，有关党委已宣布平反，恢复名誉。彭罗陆杨四人的“问题”，内容上并无关系，组织上更没联系，四人被拉在一起受诬陷的根本原因在于他们都不同程度地抵制了“左”的错误，或对林彪一伙作了一定的斗争，被视为“文化大革命”的直接障碍。打倒彭、罗、陆、杨，实际上是为全面发动“文化大革命”扫清障碍；这也为林彪、康生、江青等人篡夺党和国家的领导权创造了条件。
聂元梓的大字报和北京市委的改组
1966年5月25日，在中央文革和康生的亲自授意下，由康生妻子曹轶欧出面，策动北京大学哲学系聂元梓、宋一秀、夏剑豸、杨克明、高云鹏、李醒尘、赵正义等7人写了题为《宋硕、陆平、彭骊云在文化大革命中究竟干些什么？》的大字报，张贴在北京大学。这张大字报矛头直指北京大学党委和北京市委，后来，被毛泽东称为是“全国第一张马列主义的大字报”。
聂元梓等人的大字报的出现是以《五一六通知》为背景，受康生等人利用，以及聂元梓等人一贯的思想倾向和个人品格等因素决定的。聂元梓，1921年生，河南滑县人。1938年在延安加入中国共产党，同曹轶欧相识。1946年派往黑龙江省，任齐齐哈尔市第一区区委书记，不久调任哈尔滨市委宣传部理论处处长。1963年进入北京大学，翌年任哲学系党总支书记。1965年，北京大学在校党委书记陆平等领导下开展了社会主义教育运动，其问，伤害了一些人。聂元梓和哲学系的一些人遂与陆平发生了尖锐的矛盾冲突。作为北京大学上级党委的北京市委了解到这一情况后，彭真等多次亲临现场，表示了对陆平的坚决支持，聂元梓等人受到一定程度的压制。这样，就使聂元梓等人同陆平的关系更加紧张，并产生了对北京市委的怨恨，寄希望有机会发泄和表现。
1966年5月中共中央政治局扩大会议的召开和《五一六通知》的通过，使得中央文化革命小组利用聂元梓和陆平这种紧张关系，制定了“从北大点火，往上搞”的行动方针，并派出了以曹轶欧为首的中央理论小组调查组等到北京大学。
