红卫兵来到北京后，整个北京都忙碌起来了。同时，北京的学生也趁机散向全国各地。这样就开始了数以千万人次的全国性的红卫兵大串连。截至11月下旬，毛泽东在北京先后接见了1100多万师生和红卫兵。红卫兵是“毛主席的客人”，受特殊的优待。他们免费进入公园等游乐园，免费乘坐市内交通工具。后来，红卫兵串连漫延到各个大城市。红卫兵免费乘坐交通工具，导致客流量锐增，各交通线吃紧。他们一上轮船，轮船上的船舱就变成了统舱，床铺变成了统铺，人员严重超载，致使船只无法启航。铁路运输更是不堪重负。火车车厢内连个落脚的地方都没有，甚至车厢厕所里也不得不挤进六七个人。
红卫兵串连行动，规模浩大。10万人挤到井冈山，10万人挤到大寨，还不知有多少万人挤到韶山。时近严冬，天冷路塞粮缺。一些地方向中央军委和中共中央告急。军队动员了一部分部队日夜赶制大饼，并派直升飞机到井冈山、大寨空投大饼、衣服和毯子。
就在“革命师生”衣食住行处于极其艰难境地的时候，中央文革为他们加油、鼓劲。
1966年9月15日，《人民日报》发表了题为《毛泽东思想把全国革命师生的心串连在一起》。
1966年10月16日，陈伯达在中央工作会议上高度评价了红卫兵的“革命行动”。他说：“大串连这一直是毛主席极力支持的，并且主张把这种群众行动大大推广。”他提出：“让革命学生互相串连，这是学生自己教育自己的最好方式之一。他们在串连的革命大熔炉里，受到各种锻炼，在串连中去辨别大是大非，在串连中熟悉社会，熟悉群众，熟悉阶级斗争，其意义是很深远的。这种串连，将使全国文化大革命的经验，得以互相交流，把全国文化大革命打成一片，同时，可以使人们识别谁是真革命，谁是真正的无产阶级革命家，谁是真正的毛主席的学生，还可使人们识别什么是无产阶级司令部，而不是相反。串连就是学生们的最大的、最好的学校。”“大串连、红卫兵这些都是群众在无产阶级文化大革命中的伟大的创举。”
在全国大串连期间，全国交通极为拥挤，交通部门承受不了如此重负，大中城市社会秩序紊乱，直接影响了生产建设和人民生活。这是全国大动乱的前奏。
后来，周恩来经毛泽东批准，同中央文革小组商量后，向红卫兵号召发扬红军两万五千里长征精神进行徒步串连。
8月中旬天津大学等校的师生开始了徒步“长征”的先例。他们觉得在“文化大革命”过程中受到了“压抑”，决定徒步到北京取“文化革命”的“经”。
一路上，他们肩并肩，手挽手，无论急风骤雨，还是寒雨秋风，都不能动摇他们的决心。有的人脚上打起了血泡，没当成一回事，凭着朗读毛泽东语录获得的力量，克服困难，一往无前。
中央文革小组闻知此事，“十分感动”，派火车到杨村车站迎接他们。
大连海运学院的15名学生，高举着“大连——北京长征红卫兵”的红旗，开始了极其艰难的旅程，一路上风餐露宿，吃的是粗茶淡饭，历时一个多月，行程2000余里，终于实现了长久的愿望——到达“文化大革命”的“策源地”北京。
为了鼓励红卫兵的徒步串连，1966年10月22日《人民日报》发表了《红卫兵不怕远征难》的社论。社论认为徒步串连“在思想上得到了一次大解放，大锻炼，大提高”，“不打算吃苦的人，不可能成为真正的革命者。谁想要‘舒舒服服地干革命’，谁就可能‘舒舒服服地和平演变’，滑到修正主义的泥坑中去”。
由于外出串连造成北京的红卫兵外流，致使中央文革小组设计的以批“走资派”为目的的计划破产。因此，中央文革小组认为动员各处串连的红卫兵返校搞运动是当务之急，为此，11月10日在北京体育馆由大连海运学院“长征红卫兵”和北京红卫兵召开了“全国在京革命师生步行串连回本单位誓师大会”，通过了《全国在京革命师生步行串连回本单位倡议书》。
11月16日、12月1日，中共中央连续发布通知，暂停一切乘火车、轮船、汽车到北京和到各地的串连。1967年2月3日、3月19日中共中央又发出停止全国大串连的通知。中共中央通知发出后，全国各地采取了强有力的措施，动员红卫兵返校。
到1966年底，大部分串连红卫兵基本返回原校，但仍有少数串连的学生觉得还远远没有逛够，便想方设法用互换车票的办法，继续尽情发泄他们过剩的精力。
1967年2月27日，陈伯达对北京“红卫兵三司”驻外联络站的代表说：红卫兵运动初期搞串连起了煽风点火的作用，有功绩，但后来各地造反派起来了，继续留在那里可能起不好的作用，外地联络站要一律撤回。这表明中央文革小组所鼓吹的串连所起的作用已经完成了。直到1968年，有少数红卫兵仍在全国各地游荡。
北京的“炮打中央文革事件”与“联动事件”
“文化大革命”初期，随着红卫兵运动的日益高涨，许多青年满怀激情地投入到整个运动中。然而到1966年下半年，面对着中央文化革命小组权力的急剧上升和全国出现的混乱局面，一些红卫兵产生了许多迷惘和不满。他们所到之处，许多老干部、老领导一夜之间突然成了“反党、反社会主义分子”，省委、市委的领导班子几乎都瘫痪了，造反派的“炮轰”正逐步升级，他们打着“怀疑一切”、“打倒一切”的旗号，有恃无恐地揪斗领导干部，冲击军事机关。而他们敢于这样做是因为背后有中央文革的支持。
在这种背景下，许多大中学校的师生和红卫兵组织先后贴出了反对中央文化革命小组的大字报、标语等。1966年11月15日，北京农业大学附中高三学生伊林、涤西在清华大学张贴了《致林彪同志的公开信》的大字报，对林彪一次谈话中的两个观点，即毛主席比马恩列斯“高得多”；要“99％地学习毛主席著作”进行了驳斥，揭开了炮打中央文革和反对林彪的序幕。
1966年11月下旬，北京矿业学院首都红卫兵总部联合10多个院校的红卫兵组成“批判戚本禹联络站”，准备彻底批判戚本禹的一些讲话。矿业学院红卫兵“红色游击队”在大街上贴出大标语：“戚本禹11月12日的讲话是反毛泽东思想的”，并表示“我们坚决要求和陈伯达同志辩论”。
11月底，北航的“八一纵队”、“八一野战团”连续4次贴出从“一问”到“四问”中央文革的大字报，指责他们的做法造成了学生之间的矛盾。大字报说：“有一些人采用新的形式，继续推行资产阶级反动路线，又把另一批人打成‘反革命’，‘右派’、‘保皇派’、‘修正主义分子’……与前一阶段相比，真是有过之而无不及。”12月1日，北京林学院一学生在辩论会上说：“中央文革产生不符合《十六条》”，还贴出了“踢开中央文革，自己起来闹革命”的大标语，并直接到解放军报社接待站反映意见，认为中央文化革命小组多数成员都犯了挑动群众斗群众和包办代替的方向性错误，要求中央解散中央文化革命小组。同时，北京林学院还相继贴出了《给中央文革小组的一封公开信》、《看中央文革小组在无产阶级文化大革命中执行了一条什么路线？》、《踢开中央文革小组，紧跟毛主席闹革命》、《江青同志的讲话把运动引向何处？——评江青同志11月28日在首都文艺界无产阶级文化大革命大会上的讲话》等大标语和大字报。此外，天安门前两侧观礼台上也出现了由北京林学院写的“中央文革小组执行了资产阶级反动路线”的大标语。
12月4日，清华大学校园内贴出了《中央文革小组的路线性错误必须批判》、《誓死揪出毛主席身边的真正的资产阶级阴谋分子》、《给毛主席一封公开信》等大字报和大标语。此外，清华大学的红卫兵组织“捍卫团”还在红星影院集合，批判中央文化革命小组。会上有人呼喊“刘少奇万岁”的口号。
同时期，北大附中、石油学院附中、清华附中、京工附中、八一中学等海淀区10多所中学红卫兵组织的负责人商议组织成立了“首都红卫兵联合行动委员会”（简称“联动”）。“联动”的组织机构采用集体协商办法，各校派出的一名联络员，主持常务工作，由京工附中于增寿任总联络员，总部设在北大附中，宣传工作由北大附中负责，组织工作由石油附中负责，并委托北大附中的宫小吉起草“联动”宣言。12月5日，“联动”正式成立，发表了成立宣言。宣言严正指出：“继资产阶级反动路线之后，出现的资产阶级反动路线新形势乃是当前运动的最大威胁，它威胁着革命群众血汗换得的胜利果实，它将使群众重新回到被专政、被压迫的地位，它将夺取群众自己教育自己，自己解放自己的权利。它威胁着我们！”“联动”声称要积极行动起来，“只有一条道路拉起队伍来，干！”“我们宣誓：誓死捍卫以毛主席为代表的无产阶级革命路线。”当天，“联动”成员，军工附中邹建平等人爬上几十米高的西直门城楼，用几十张大字报纸刷下巨幅标语。上面赫然写着：“中央文革把我们逼上梁山，我们不得不反！”表示坚决反对中央文化革命小组。
12月6日，牛皖平等“联动”成员10余人来到蒯大富、聂元梓控制的一个组织所在地，想与他们辩论揪斗老干部的问题。谁知刚进大门，就遭到对方数十人围攻，“联动”势单力薄，未及开口便冲出重围，主动撤了出来。
12月7日，“联动”再次派出石油学院附中、农大附中的同学20余人前往这个组织所在地，对方竟用电话凋来上千人将“联动”成员团团围住。最后周恩来派国务院秘书长周荣鑫前往调解，“联动”成员才得以脱身。
