中共九大通过的新党章有严重错误，它将“无产阶级专政下继续革命的理论”的基本观点和文化大革命写入了总纲。它肯定了对毛泽东的个人崇拜，高度评价了林彪，将“林彪同志是毛泽东同志的亲密战友和接班人”写入了党章，开创了党史上从未有过的恶劣先例，严重违背了民主集中制和集体领导的原则。它删去了党员权利的条文，使党员处于无权利的地位；取消了中央书记处和中央监察委员会，放弃了党内监督，强化了党内集权。4月15日起，大会进行第三项议程，酝酿提名和选举中央委员、候补中央委员，并继续分组讨论在各地、各单位落实大会提出的任务。
4月15日，大会主席团发出了关于中央委员和候补中央委员的选举办法，即先由各代表团提名、经主席团汇总，提出候选人名单草案，再交各代表协商产生候选人名单，然后进行无记名投票，选出正式候选人名单，最后进行无记名投票的正式选举。选举办法规定了毛泽东、林彪为“当然候选人”；周恩来、陈伯达、康生、江青、张春桥、姚文元、谢富治、黄永胜、吴法宪、叶群、汪东兴、温玉成、李作鹏、邱会作、刘贤权等15人为“一致通过的候选人”；原八届中央委员和候补中央委员提名为九届中央委员会候选人的不得超过53人；九届中央委员和候补中央委员的总数不超过250人；各类人员应有一定的比例。选举办法下达后，各小组开始酝酿、协商、选举候选人名单。因军队和工农候选人提名太多，候选人总数突破了250人的限额，达到279人。
4月24日，中共九大举行第三次全体大会，由林彪主持，正式选举第九届中央委员会。在选举中、林彪、江青等人一方面暗中操纵选举，只让老同志得票刚过半数而勉强当选，以损害他们的威望；另一方面，林彪、叶群还布置同伙少投江青等人的票，以打击江青等人。经过无记名投票，170名中央委员候选人和109名候补中央委员候选人全部当选；毛泽东当选为中央委员会主席，林彪当选为副主席。最后，林彪宣布九大闭幕。
4月28日举行了九届一中全会，选举中央机构成员。毛泽东当选为中央委员会主席，林彪当选为副主席，毛泽东、林彪、周恩来、陈伯达、康生当选为中央政治局常委。当选为中央政治局委员的除上述5人外，还有叶群、叶剑英、刘伯承、江青、朱德、许世友、陈锡联、李先念、李作鹏、吴法宪、张春桥、邱会作、姚文元、黄永胜、董必武、谢富治、李德生、汪东兴。以上政治局委员、候补委员25人中，林彪、江青一伙占了一半以上。
中共九大的召开，使“文化大革命”的错误理论和实践合法化。九大在思想上、政治上和组织上的指导方针都是错误的。同时，九大也加强了林彪、江青、康生等人在党中央的地位。
中共九大标志着“文化大革命”第一阶段的结束。九大以后，“文化大革命”进入“斗、批、改”阶段。
周恩来总理同柯西金会谈
1969年9月，中国和苏联两国领导人为缓和珍宝岛事件以来中苏边境的紧张形势，利用参加越南劳动党主席胡志明葬礼的机会，在北京首都机场就中苏边界问题举行的一次外交会谈。
中苏两国有着7500多公里的共同边界，边界问题一直是两国历届政府悬而未决的问题。60年代初，两国关系恶化后，边界问题日益敏感。中国政府多次建议苏联通过和平谈判方式解决边界问题，并提出在解决之前维持边界现状、避免冲突的6项建议。但苏联政府却支持以1860年《中俄北京条约》附图中沙皇俄国单方面绘制的一条红线为边界。而这条红线仅表示当时沙皇俄国以乌苏里江、黑龙江为界的意愿，不能表明边界线的确切位置和江中岛屿的归属。因此，中国政府不能同意苏方的要求，主张按国际法准则，以江中主航道为边界线。1964年2月，中苏双方在北京举行边界谈判，因苏方的原因而没有取得任何结果。两国关系破裂后，苏联在中苏边境屯集重兵，频频挑起边界事端。到1969年3月的珍宝岛事件，中苏冲突达到顶峰。此后，苏联在中苏边境增兵百万，对中国进行军事威胁。中国则在“准备打仗”的口号下，掀起了备战高潮。中苏边境剑拔弩张，大有一触即发之势。
与此同时，中苏两国政府并没有放弃外交谈判的努力。
1969年3月21日，苏联部长会议主席柯西金约见中国驻苏使馆官员，提出同中国领导人进行直接电话磋商。次日，中国政府以备忘录答复：“从当前中苏两国关系来说，通过电话的方式进行联系，已不适用。如果苏联政府有什么话可说，请通过外交途径正式向中国政府提出。”3月29日，苏联政府就中苏边界问题发表声明，一方面坚持其立场，一方面表示愿通过谈判解决分歧，并恢复1964年在北京开始的边界谈判。4月1日，中国政府表示“正在考虑给予答复”。4月11日，苏联政府建议双方从4月15日起在莫斯科协商，并要求中国政府答复。5月，中国政府做出答复：“双方应通过外交途径商定举行中苏边界谈判的日期和地点。”
9月3日，越南劳动党主席胡志明逝世，中国总理周恩来率中共代表团、苏联部长会议主席柯西金率苏联代表团分别前往河内吊唁胡志明的逝世。柯西金在参加完胡志明的葬礼后传话说，希望在回国途经北京的时候与中国领导人见面。毛泽东在京召集中央政治局会议讨论后，决定同意柯西金前来中国会谈。9月10日，当柯西金等人乘飞机回到苏联塔吉克共和国首府杜尚别时，得到了中国方面的答复：中国总理欢迎同他会晤。柯西金转经伊尔库茨克飞往北京，于9月11日上午10时30分到达北京首都机场。同机到达的还有卡图谢夫、雅斯诺夫、巴扎诺夫等苏联党政领导人。周恩来、李先念、谢富治、乔冠华等中国领导人前往迎接。双方在候机楼西侧的贵宾室进行了长达3小时40分的坦率而诚恳的会谈。
会谈一开始，周恩来针对3月中苏两国在珍宝岛地区发生的武装冲突以及6月苏共领导人在共产党、工人党国际会议上对中国共产党的攻击，对柯西金说：“你们说要用先发制人的手段来摧毁我们的核基地，如果你们这样做，我们就宣布，这就是战争，这就是侵略，我们要坚决抵抗，抵抗到底。我们不希望出现这个情况，所以，我才把这个话告诉你。”接着，周恩来又表示：“不管争吵得怎么样，来往总是要的，谈判总是要的。我们同美国还谈嘛，何况我们两个邻国呢？”
会谈中，周恩来始终以向前看的态度，紧紧抓住中心，力争在不受任何武力威胁的条件下开始边界谈判。我们的原则是，能解决的力争解决，即使一时解决不了，也要能有效地保持边境局势的缓和。当柯西金表示中苏之间积累的问题很多，要一个一个讨论，可以讨论3个月时，周恩来表示：要向前看，我认为边界问题是现在问题的中心。柯西金也同意这一看法，双方在这一点上达成了共识。
随后，周恩来就中国解决边境问题的立场作了简要说明，表示：要解决边界问题，谈判总要用些时间，在未解决之前需要采取一些临时措施。为此，他提出了维持边界现状、避免武装冲突、双方武装力量脱离争议地区等3项建议。双方以此为基础展开了求实的讨论。关于“维持边界现状”，中苏双方一致认为，双方原来在哪里，就在哪里，没有人的地方谁也不去。维持边界现状的时限，应一直到边界问题的全面解决为止。关于“争议地区”的概念，双方讨论的时间最长。周恩来明确指出，争议地区就是1964年中苏边界谈判中双方交换的地图上边界线画法不一致的地区。经反复讨论，柯西金最后接受了这一概念。他说：“争议地区，就是你说是你们的，我们说是我们的地区。”关于“避免武装冲突”，除周恩来所提出的双方武装力量从争议地区脱离接触外，柯西金又补充一条：在双方遇有争论时，由双方边防部门相互联系，协商解决。此外，双方还同意：边境居民原来在哪里生产，还在哪里生产；为避免误会，只要互相通知一下，便可一次达成协议。当然，这不影响这些地区的主权归属，归属问题须付待边界谈判解决。
就上述双方讨论的结果，周恩来归纳为维持边界现状、避免武装冲突、双方武装力量在争议地区脱离接触、在双方遇有争论时由双方边防部门协商解决等4条。柯西金当即表示：“你讲的4条我完全赞同。”周恩来接着说：“临时措施解决了，边境的紧张状态就会变成缓和状态了。”然后，双方就边界谈判代表团的成员、地点、双边贸易等问题交换了意见。柯西金说：“我们走了一段弯路。但我们并不遗憾，我们很高兴到这里来。”
最后，中苏双方相约，就上述协议各自向自己的中央报告后，交换信件予以确认。
9月18日，周恩来总理致信柯西金。信中说：“1969年9月11日，在北京机场的会见中，我们双方同意：长期悬而未决的中苏边界问题，应该在不受任何威胁的情况下，通过和平谈判解决；在解决前，双方采取临时措施，维持边界现状，避免武装冲突。”信中还重申了双方当时就应该采取的临时措施而达成的5条意见，即：在边界问题解决之前，严格维持边界现状；避免武装冲突；双方武装力量在中苏边界争议地区脱离接触；边界发生争执，由双方有关边防机关本着平等、相互尊重的精神，进行协商，合理解决，解决不了，通过外交途径协商；上述临时措施，不影响双方各自对边界问题的立场和争议地区的归属。信件最后表示：“以上各项临时措施，如能得到你来信确认，即作为中苏两国政府之间的协议，立即生效，并付诸实施。我相信，如果这个协议能够达成，将有助于两国边境局势的缓和和中苏边界谈判的举行。”
10月19日，中国发布消息：根据中苏两国政府的协议，即将在北京举行外交部副部长级的谈判。次日，中苏边界谈判在北京举行。
自周恩来与柯西金在北京首都机场会谈、中苏边界谈判恢复之后，中苏边界冲突基本停止，中苏边境的紧张局势缓和下来，两国大使返回各自大使馆，双方的贸易谈判也恢复进行。
高等院校下放
高等院校下放是“文化大革命”中所谓“教育革命”的重要内容之一。主要是指在1969年10月中共中央发出《关于高等院校下放的通知》以后开始的下放中央部属高等院校管理权及搬迁裁并大专院校的活动，它是林彪、江青集团利用毛泽东“教育革命”主张中错误和偏激的部分对中国高等教育事业的一次大摧残。
中华人民共和国成立之后，人民政府对旧的教育制度进行了根本改造，使新中国的教育事业有了很大发展。但是自1957年夏季反右派斗争严重扩大化后，毛泽东认为无产阶级同资产阶级的矛盾仍是中国社会的主要矛盾。此后，教育为无产阶级服务便被理解为教育为阶级斗争服务，为社会主义历史阶段的基本路线服务。毛泽东看到了当时教育体制中存在的一些教学脱离实际等问题，多次表示，“现在这种教育制度，我很怀疑”，进而提出了新的教育主张，认为中国的教育，尤其是高等教育的办学目标、办学方向、办学内容、办学方法以及办学地点等都要实行彻底的革命，不赞成把大学办成经院式学校，特别是不同意把农业大学办在城里。毛泽东确实看出了当时教育体制中存在的一些弊端，他的主张中也有合理的成分。但是，他把当时教育体制中存在的问题归结为中国社会的主要矛盾在学校教育中的体现，这从根本上是错误的。
在“文化大革命”前夕的《五七指示》中，毛泽东指出“学生也是这样，以学为主，兼学别样，即不但学文，也要学工、学农、学军，也要批判资产阶级。学制要缩短，教育要革命，资产阶级统治我们学校的现象，再也不能继续下去了”。中共八届十一中全会通过的《关于无产阶级文化大革命的决定》也强调：“改革旧的教育制度、改革旧的教学方针和方法，是这场无产阶级文化大革命的一个极其重要的任务。”“在各类学校中，必须贯彻执行毛泽东提出的教育为无产阶级政治服务、教育与生产劳动相结合的方针，使受教育者在德育、智育、体育几方面都得到全面发展，成为社会主义有觉悟的有文化的劳动者。”“文革”开始后，毛泽东多次就大学如何办发表指示。1968年7月21日，毛泽东在一份调查报告中批示：“大学还是要办的，我这里主要说的是理工科，但学制要缩短，教育要革命，要无产阶级政治挂帅，走上海机床厂从工人中培养技术人员的道路。要从有实践经验的工人、农民中选拔学生，到学校学几年之后，又回到生产实践中去。”后来，毛泽东在谈到办文科院校时又强调“要以社会为课堂”，“以阶级斗争为主课”。这些提法明确地表达了大学要到社会和实践中去办的思想，从而为高等院校下放埋下了伏笔。
