18日晚21时30分，黄永胜以“林副主席第一个号令”为名，通过总参作战部正式下达了这个指示，要求全军进入紧急战备状态。“第一个号令”的部分内容是：“第四，迅速抓紧布署反坦克兵器的生产，如四零火箭筒、反坦克炮等（包括无后座力炮和反坦克炮）。第五，立即组织精干的指挥班子，进入战时指挥位置。第六，各级要加强首长值班，及时掌握情况。执行情况，迅速报告。”上述指示中的最后一项只传达到11个大军区和海军、空军、卫戍区。
同时，黄永胜还下达了林彪给第二炮兵的指示“第二号令”，给总参二部、三部的指示“第三号令”和给各总部、各兵种、国防工办、国防科委的指示“第四号令”。“紧急指示”发出后，全军各部队进入了一级战备状态。空军、海军和各军区，特别是东北、华北、西北地区的部队和重型装备、物资，都进行了紧急疏散。全军共疏散95个师，94万人，4100架飞机和6600余艘舰艇。
发布这样一个关系全军总动员准备打仗的“紧急指示”而不经党中央研究，不向党中央、中央军委主席请示而擅自下令，这是绝对不允许的。林彪对此很清楚。在获知他的紧急指示已发布到全军后，林彪遂指使黄永胜于19日以电话形式向正在武汉的毛泽东进行报告，企图以先斩后奏的方式迫使毛泽东同意。没想到，毛泽东看完电话记录稿后做了冷处理，批示烧掉。黄永胜接到回电后，顿时慌了手脚。经过与林彪密谋后，黄对外宣称：“毛主席阅后，批示：很好，烧掉。”实际上，毛泽东对林彪擅自调动全军进入紧急状态是很生气的。随同毛泽东在武汉的中央办公厅主任汪东兴曾向干部传达了毛泽东的指示：“林彪调动全军想干什么？”并要求警卫部队提高警惕，防止有人搞破坏。
林彪为什么敢于擅自发布“紧急指示”呢？一个原因是毛泽东等中央主要领导人对国际形势估计过于紧张，对爆发世界大战的估计过于严重，给林彪发布“紧急指示”以可乘之机。美国增兵越南，中苏关系恶化，中苏冲突日益严重，以致发生边境武装冲突，这些加重了中国领导人对形势的判断，使中国更加广泛、持久、深入地加强战备。当中苏两国政府确定于10月20日在北京举行边界谈判之时，中国领导人紧绷的神经尚未松弛下来。会谈前夕，毛泽东作出了国际形势有可能突然恶化的估计，中央政治局会议也同时决定为防止苏联军事袭击、立即开始加强战备。这些都为林彪发布“紧急指示”提供了条件。毛泽东等中央领导人不在北京，也为林彪发布“紧急指示”提供了机会。但更重要的原因则是在中共九大后，林彪被确定为党的唯一副主席，成为毛泽东的法定接班人，同时又是军委副主席、国防部长，主持军委日常工作。林彪集团的其他成员如黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作、叶群等都成为中央政治局委员，黄、吴、李、邱还担任着军队的重要职务。这些并未满足林彪的权力欲，他还想夺取更高权力。“紧急指示”的发布就是林彪检验自己命令的效力、图谋政变的又一次预演。这是林彪发布“紧急指示”的实质。其实在林彪发布“紧急指示”半个月前，他已进行过一次预演。9月30日夜，林彪突然视察北京西郊机场，命令该机场的飞机当晚全部转场，用砖头把跑道堵起来并配备足够的武器，搞一个小规模的演习。吴法宪根据林彪的指示，当夜命令“所有空军部队进入一等战备；所有指挥所进入一等战备；所有指挥员坚守指挥岗位，不准离开”。结果从9月30日至10月3日，空军所有部队、学校、机关和民航进入一等战备，共有1683架飞机在机场担任战斗值班，3900多架飞机进入洞库或野外疏散，东北、西北、华北地区的机场都用机械和车辆设置了防敌机降落的障碍。事后，吴法宪以空军党委的名义向林彪报告说：“这一战备行动是空军建立以来规模最大的一次演习。”
10月20日，中苏双方外交部副部长级谈判如期在京举行。中苏边界没有发生任何情况。这表明“紧急指示”的判断是完全错误的。但是在后果上，它却对国内外形势造成了一定的影响。
“紧急指示”的发布促使全国备战升级，形成高潮。除部队进入一级战备状态外，许多大中城市立即疏散人口、挖防空洞、防空壕，组建消防、救护、运输、抢修、治安等队伍，加强通讯警报网建设，工业向边远地区转移，军工生产规模扩大。这严重影响了中国国内社会的稳定和经济的正常发展。
“紧急指示”发布后，部队和装备物资进行了大规模的疏散。据统计，1970年，紧急疏散的部队和物资经铁路部门运输的有60万车，比抗美援朝时期运输量最大的1951年还多17万车。运输团以上部队有8个整军、48个整师另179个团，新老兵157万余人。经水路运输的有20万人、物资55万吨。经全军后勤汽车部队运输的物资约3000万吨。如此大规模的部队和物资疏散不能不引起国外各方面的关注和震动。苏军在中苏、中蒙边境一带频繁调动，全部休假取消。驻太平洋地区的美军也奉命全面戒备。台湾、澎湖、金门、马祖的国民党军队也进入了战备状态。中国周边形势形成剑拔弩张之势。
“清理阶级队伍”的进行
“清理阶级队伍”是所谓“发动群众开展对敌斗争”的一项政治运动，提出于1967年底，自1968年夏始在全国范围内展开，中共九大前后，成为“斗、批、改”运动的主要内容之一。
1967年11月27日，江青在北京工人座谈会上，首次提出了“清理阶级队伍”。她说：“在整党建党的过程中，在整个无产阶级文化大革命的过程中，都要逐渐地清理队伍，有党内，也有党外。”这并非江青一个人的意见。1968年两报一刊元旦社论提出：“混在内部的一小撮叛徒、特务、党内一小撮死不悔改的走资本主义道路的当权派，社会上的牛鬼蛇神（即没有改造好的地、富、反、坏、右），以及美帝、苏修和他们的走狗，绝不会甘心于自己的灭亡”，因此，“要充分发动群众，彻底查清，坚决处理，保证无产阶级文化大革命的顺利进行”。此后，“清理阶级队伍”运动，即把混在革命队伍内部的叛徒、特务、走资派以及没有改造好的地、富、反、坏、右分子清除出队伍的运动在上海等少数地方开展起来。多数省、市、自治区因革委会尚未成立，此项运动并未展开。
1968年5月，毛泽东在姚文元送阅的《北京新华印刷厂军管会发动群众开展对敌斗争的经验》文章上作了批示，“在我看过的同类材料中，此件是写得最好的”，“建议此件批发全国”。不久，中共中央、中央文革小组转发了这一材料，要求全国各地“有步骤地有领导地把清理阶级队伍这项工作做好”。8月，姚文元在《工人阶级必须领导一切》的文章中公布了毛泽东的指示：“建立三结合的革命委员会，大批判，清理阶级队伍，整党，精简机构、改革不合理的制度，下放科室人员，工厂里的斗、批、改，大体经历这么几个阶段。”“清理阶级队伍”成了“斗、批、改”的主要内容之一。此后，“清理阶级队伍”作为毛泽东亲自抓的“六厂二校”经验之一，用于指导全国的“斗、批、改”运动。
