王仙芝拒绝唐朝的招安，他并不是心甘情愿的，所以他心中的抑郁无法发泄出来，对于这种“招安不成”的愤怒，他通过放任军队在蕲州内大肆剽掠来宣泄。面对这些肆无忌惮的军队，蕲州城的百姓，不是被赶出了城外，就是被士兵们杀死了，城中的房屋全都遭到了焚毁。前来招安的蕲州刺史裴偓和一些宦官也都逃向了襄州，而王镣则一直被起义军扣留在军中。
与此同时，黄巢也不甘示弱，唐僖宗乾符四年（公元877年），王仙芝带领军队攻进鄂州，杀死了天平节度使薛崇，不久又带兵攻下了沂州。离开王仙芝以后，黄巢虽然也颇有斩获，但是因为孤军作战，所以显得势单力薄。就在这时，王仙芝的心腹大将尚让屯兵在了嵖岈山，既为自保也为保住嵖岈山，黄巢带兵和尚让会合。
就这样王仙芝和黄巢又一次合作，他们共同出兵攻打了宋州，他们原本的目的是切断李唐王朝的运河交通，但是朝廷也深知运河对他们的重要性，所以朝廷派来大批的援军，就这样，面对强大的兵力起义军最终没能取得作战的胜利。在这次短暂的合兵之后，王仙芝和黄巢再次分兵，王仙芝再次带领自己的兵马南下，这之后王仙芝曾过江攻下了鄂州，此时他的主力部队还在江北。到了八月份，王仙芝带兵攻占了安州、随州，之后开始进攻复州和郢州。
在这些战斗中，虽然王仙芝不断地取得胜利，但是在三月唐王朝发布《讨草贼诏》之后，起义军面临的压力越来越大。当时朝廷动员了各地的官军和地方武装一起镇压起义军；同时还在精神上瓦解起义军，朝廷对起义军承诺说只要他们解甲投降，就一定授予他们官爵，同时给他们厚赏资财。
这时，唐招讨副使、都监、宦官杨复光再次派人去劝降王仙芝。因为上次的招安没有成功，所以对于这次机会王仙芝十分珍惜，十一月王仙芝郑重地写了降表，他派遣自己的心腹大将尚君长、蔡温球等人去邓州请降。负责陪同他们的就是招讨副使都监杨复光，但是这次招安同样没有取得成功，因为尚君长、蔡温球等人在前往长安的途中，被嫉妒杨复光功劳的招讨使宋威截了下来。
宋威这个人一直在青州任职，是一个老奸巨猾之人，对于朝廷这次镇压起义军的行动，他私下里就和部将曾元裕说过：“以前庞勋造反时，朝廷派康承训带军平叛，可是起义平定了之后，康承训反而被安上了罪名。现在咱们剿贼，即使能够成功，可是功高震主，谁能保证以后能够平安无事？不如留着贼军，皇上虽然头疼，但是我们可以经常报些军功领赏。”
宋威是这样说的，也是这样做的，在和起义军作战的过程中，他的军队一直都是“蹑贼一舍，完军顾望”，试想，两军交战总是相距30里，观望不前，避免正面交锋，又怎么可能取得战争的胜利呢？
当初宰相王铎、卢携曾将张自勉的部队划归到了宋威的管制之下，但张自勉认为宋威不是一个干将，并不愿意服从他的命令。关于此事朝廷经过反复讨论之后，认为宋威比较年长，比张自勉资格老，所以就用张贯代替了张自勉。这件事使得宋威更加有恃无恐，欺上瞒下，冒领军功，十分放肆。
宋威半路拦截了王仙芝派来请降的尚君长、蔡温球等人之后，竟然厚颜无耻地上奏朝廷说，这些人是自己在颍州西南的作战中俘获的，对于他的这种说法知道内情的宦官杨复光十分愤怒，他上奏朝廷说尚君长等人是在他的劝说下来投降朝廷的，他们不是宋威在战场上擒获的。这两个人所言都有理有据，让皇帝有如坠入云里雾里，于是派御史归仁绍来调查此事。由于宋威提前动了手脚，所以归仁绍的调查毫无结果，最终宋威私自将尚君长等人带到狗脊岭杀害了。
尚君长被杀的消息让王仙芝感到十分悲痛，同时朝廷杀害请降使者的行为，也彻底打消了王仙芝的投降之念，面对朝廷的背信弃义和部下的惨遭杀害，愤怒的王仙芝在乾符五年（公元878年）正月，攻入了荆南的罗城，但是朝廷从襄阳派来增援的五百沙陀骑兵也及时赶到，王仙芝的军队打不过这些勇悍的骑兵，于是在城中抢掠一番仓皇离开。
此时，朝廷解除了宋威的兵权，同时任命他原先的部下颍州刺史张自勉作为招讨副使，又将西川节度使高骈调为荆南节度使兼盐铁转运使，就这样朝廷加强围剿王仙芝的兵力。
到了二月，王仙芝带领部队南下蕲州，遭到了曾元裕的穷追不舍。在黄梅双方展开了决战，这场战斗中起义军大败，战死士兵五万多人，王仙芝也在突围中被杀，他的首级被唐军送到了长安报捷请赏，至此曾经轰轰烈烈的王仙芝起义落下了帷幕。
满城尽带黄金甲
黄巢是曹州冤句县人，原本是一个盐商家庭的孩子，他精通骑射，同时还颇有文采，能够做诗。五岁时黄巢的父亲让他以菊花为题作一首诗，黄巢脱口而出，其中两句是“堪于百花为总首，自然天赐赫黄衣”。黄父听了很不满意，虽然黄巢诗作得还不错，可是其中的王者气度却不是一个普通孩子应该具有的，在君权至上的古代，这样的诗如果不是出自一个五岁幼童之口，甚至可以作为心存不轨、意图谋反的证据。
然而考虑到黄巢年幼，于是父亲打算再给他一次机会，让他再作一首，谁知黄巢居然又顺口而出：“飒飒西风满院栽，蕊寒香冷蝶难来。他年我若为青帝，报与桃花一处开。”可见，黄巢自幼就有凌云之志，不甘于人下，但是他成年之后多次参与科举，却是屡试不中。失意的黄巢决定弃文从武，继承祖业。他豪爽豁达，喜爱扶危救急，结交了不少英雄豪杰，也收留了很多投奔于他的亡命之人，由此组织了一支武装队伍，这就是他后来起兵造反的基础。
其实唐末的农民起义领袖大都是靠贩卖私盐起家的，比如黄巢、王仙芝、王建、钱镠、徐温等。这和当时的历史环境密不可分，盐是人们生活的必需品，但是唐朝的盐业却牢牢掌握在政府手中，任何私下贩盐的行为都被严厉禁止。
由于唐朝政府对于私盐贩子的严厉打击，他们不得不结交社会上三教九流，扩充自己与政府对抗的实力，而私盐带来的高额利润，也为私盐贩子们提供了雄厚的经济基础。这些都是他们后来组织起义军反叛朝廷，甚至自立为王的条件和资本。
唐僖宗乾符元年（公元874年），关东大旱，庄稼颗粒无收，此种情况下，当地的官员们不但没有给予百姓们帮助，反而强迫他们必须按规定缴租税，服差役。走投无路的百姓们，纷纷投靠黄巢，希望能得到帮助。此时，黄巢和当地的官府已经发生了多次抗争，所以当他听到王仙芝起义的消息，看到王仙芝起义的檄文时，就下定决心要加入王仙芝的起义军。
于是在王仙芝带领尚君长等人攻破濮、曹二州又攻入郓州之后，黄巢在冤句和黄揆、黄恩邺等八人揭竿而起，响应王仙芝的起义，并且很快招募了数千人前来投军。黄巢和王仙芝一起扛着起义的大旗，到处征战，并且得到了天下人的响应，就这样这支起义联军在短短的几个月里就发展到了数万人。
黄巢的军队最初进攻沂州但是未能成功，于是就开始在山东、河南等地转战进攻，成功攻占了阳翟、郏城等八个县。到了乾符三年（公元876年）九月，黄巢和王仙芝的军队攻占了汝州，并杀死了唐朝的大将董汉勋，俘虏了宰相王铎的堂弟汝州刺史王镣，这之后起义军的目标就指向了东都洛阳。
受到威胁的朝廷看到起义军来势汹汹，一味态度强硬地派军平叛效果并不理想，因此下令招安起义军领袖，将王仙芝封为左神策军押牙兼监察御史。对于这次招安黄巢非常反对，甚至对心存动摇的王仙芝破口大骂，最终这次招安以失败告终。但是从这以后，黄巢、王仙芝就开始分兵行动，之后虽然有过短暂的合作，但是没能长久地在一起。
乾符四年（公元877年）二月，黄巢带领军队成功地攻占了郓州，杀死了节度使薛崇。同年三月，又将沂州攻破。乾符五年（公元878年）二月，王仙芝在黄梅战败，被曾元裕部斩杀。这样王仙芝的余部面临着群龙无首的状况，于是他们决定投靠黄巢，这时黄巢正带兵攻打亳州，就在战事处于胶着状态的时候尚君长的弟弟尚让率领王仙芝的部队来投靠，使得黄巢的部队实力大增。这之后黄巢成了整支起义军的首领，他统领这支队伍继续和唐王朝抗争。黄巢被人们推选黄王，称“冲天大将军”。
为了镇压起义军，朝廷调集了大量的兵马围攻黄巢，面对这样的场面黄巢知道自己没有胜算，于是假装投降朝廷，此举令唐僖宗十分高兴，他立刻下诏任命黄巢为右卫将军，同时黄巢和朝廷达成协议，在邪州完成投降的仪式。
就在朝廷积极准备相关事宜时，黄巢也在准备，但是他准备的确是战略部署，所以当约定的时间到来时，黄巢出其不意地进攻了唐军的多个州城，然后又开始向洛阳进军，但是这时唐军已经识破了黄巢的策略，所以黄巢北上的愿望没能实现。
这时黄巢发现朝廷在北方屯兵的数量要远远多于南方，起义军很难在北方与人多势众的唐朝正规军正面对抗，行动处处受到限制。于是黄巢就采取了避实就虚的策略，主要进攻兵力空虚的南方，在这些作战中他一方面采用灵活的转战战略，一方面扩充自己的实力。
乾符五年（公元878年）三月，黄巢带领军队开始进攻汴、宋二州，这次进攻被时任东南面行营招讨使张自勉成功地阻击了，于是黄巢转而进攻卫南、叶、阳翟等地。为了抵御黄巢的军队朝廷在朝廷卫东都附近的伊阙、武牢等地派遣了三千士兵守卫，面对这种局面黄巢挥兵南下，和王仙芝的旧部遥相呼应，他们接连攻占了下饶、信等州。同年十二月，黄巢军成功进入福州。
起义军渐渐向南推进，乾符六年（公元879年）的九月，最终攻下了广州，并且俘获了岭南东道的节度使李迢。之后黄巢又派兵攻击桂州，进而控制了整个岭南地区。
经过连年征战，黄巢也有过同朝廷议和的念头，希望能够和朝廷分地而治、互不侵犯。但是朝廷认为，广州是一个非常富饶的地方，不能把它交给叛军，因此拒绝了黄巢的要求，只授予了黄巢一个太子东宫率府的虚职。面对传旨的特使，黄巢非常愤怒，也对朝廷彻底失望了。
当时的岭南气候十分湿热，黄巢军队中的很多将士死于瘟疫，当时将士们都请求黄巢北归，以成大业。就这样黄巢带领部队从桂州出发乘坐木筏，他们沿着湘江而下，直逼江陵，他们的目标是北上襄阳。一路征战下来，起义军的队伍已经扩大到了50万，沿途的很多城市都成了起义军的囊中之物。
连番的胜利使黄巢开始轻敌，所谓骄兵必败，起义军后来进攻荆门时果然大败于山南东道节度使刘巨容的部队，损失惨重。面对这种情况，黄巢只能带领起义军南下。
南下的起义军中再一次爆发了瘟疫，这场瘟疫使得起义军再次遭到重创。此时淮南节度使高骈的部下张磷又率军围攻黄巢，为了拖延时间赢得转机，黄巢再次诈降。高骈得知黄巢请降的消息之后，欣然同意了他的要求，并且答应帮他谋求一个节度使的职位。为了表示诚意，也为了独占功劳，高骈竟然将各地的援军都遣送回去。黄巢趁此机会立刻出兵击杀了张磷，这次胜利使得低迷已久的起义军士气大振。这之后起义军一鼓作气又攻克了睦州、要州等多个城市，之后更是渡过了长江，兵力直指淮南。
与黄巢军队万众一心、势如破竹相比，朝廷派来平叛的各路军队之间矛盾重重，无法协调，很多城市更是发生了兵变。这样的联军显然无力阻挡起义军前进的步伐，联军的防线就这样不攻自破了，起义军渡过了淮水，进入中原。
当时的宰相王铎认为黄巢起义军只不过是一些乌合之众，所以他主动请战，对于他的请战唐僖宗非常高兴，他一口答应了王铎，派他带兵征讨黄巢。然而，随同王铎出战的，除了朝廷派的大军，还有他的姬妾。对于他的这种行为，被留在京城的正房夫人十分恼怒，甚至派遣丫鬟到前线向王铎问罪。
无奈的王铎对自己的幕僚们连连感叹说现在黄巢北上，但是夫人又要南下了，自己到底该怎么办？他的那些手下和他开玩笑说，要不大人可以先投降黄巢，躲躲风头。由此可见，当时军纪之松散和王铎将军国大事当儿戏的做派。
当时朝廷任命李系为行营副都统兼湖南观察使，派遣他带领十万大军驻守在潭州，期望他能够阻挡黄巢前进的步伐，但是当起义军攻占永州和衡州，抵达潭州城下之后，胆小的李系不敢应战，反而紧闭城门，躲避着黄巢的军队，就这样，黄巢的起义军用了不到一天的时间就攻下了潭州，一时间，湘江被十万唐军的血染红了。之后黄巢军乘胜追击，率领五十万大军逼近江陵，然后兵不血刃地占据江陵。
广明元年（公元880年）八月，黄巢军成功打败了曹全晟，他们渡过了淮河，高骈不敢和黄巢军队抗争，只是留在扬州，观望形势，各州县更是纷纷投降，到了十月，申州被黄巢攻陷，起义军进入了颍州、宋州、徐州、兖州等地。十一月，黄巢的军队行至汝州，他们于十七日攻下了东都洛阳；这样王铎的防线很快就被黄巢攻破了。十多天后起义军从洛阳出发继续向西行进，在激战了六日之后，黄巢又一路向潼关进攻，终于杀到了长安城下。
