1901年2月23日，头山满、内田良平等人在原玄洋社基础上于东京组织成立黑龙会，目的在于谋取黑龙江流域为日本领土，其会名即从黑龙江而来。内田自任首任“主干”，聘头山满为顾问，创建会刊《黑龙》。
早年目标是与俄国开战，霸占中国东三省，并逐步控制蒙古和西伯利亚。在此目标下，黑龙会一度与孙中山等革命党人展开合作，图谋推翻中国清朝政府。1905年8月20日，在黑龙会的斡旋下，各派中国革命组织在东京黑龙会总部共同成立了中国同盟会。
1931年九一八事变之后，改组为大日本生产党，支持军部，鼓吹战争。九一八事变后，1934年，内田良平因卷入昭和神圣会事件而被迫淡出黑龙会，改由头山满主持黑龙会。
1945年，日本投降后，被盟国强令解散。
1931年，日军侵华之前，黑龙会已经秘密潜入中国，有史料可考证，所以，文中提到黑龙会的到来。
1913年，黑龙会就带几名打手走访桂太郎首相和伊藤博文外相，威胁他们要尽力促成对俄开战。开始桂太郎和伊藤博文还想敷衍，头山满只是向他的那几个打手意味深长地笑了笑，打手会意，冷眼盯着桂太郎，扬言谁不听劝，就揍谁一顿，伊藤博文和桂太郎知道惹不起黑龙会，当即表示接受他们的意见。
1913年下半年黑龙会晋见了日本陆军参谋本部次长儿玉源太郎，要求允许他的黑龙会员去中国东北为“皇军”效力，他还向儿玉源太郎建议，借日俄战争之机侵占整个堪察加半岛，控制东北亚地区。儿玉源太郎对内田良平的建议和智谋深为叹服，立即把参谋本部的士兵少佐找来同内田拟定计划，井同意提供资金和武器。
此后日本黑龙会长期在中国东北，天津，上海等地为非作歹。
