巴赞汗在野蛮的屠杀方面似乎不逊于他的祖先们。
其实他不算是一个有谋略的政治人物，只是由于答儿失麻里汗在皈依伊斯兰教以后，急于求成而没有妥善处理好蒙古贵族、蒙古人意识形态方面关系的原因，在某种程度上成全了巴赞。
但是很多时候，胜利并不一定等同于成功。
巴赞虽然当上了汗王，但他看到了许多黄金家族成员在觊觎着汗位，又想不出什么好的办法来稳定或者建立自己的统治，于是不加区分地打开杀戒，不光是杀掉了曾经支持过他的蒙古贵族，而且把有可能夺取自己位置的亲兄弟们也都杀了个干净。
巴赞汗的统治仅仅维持了很短的时间就随着他被杀而烟消云散了，他的堂兄弟、都哇汗之子也不干的儿子昌失掌管了汗国。
但是昌失汗的弟弟也孙铁木儿对昌失很不服气，甚至悄悄策划除掉自己的亲哥哥昌失汗。这个消息被他们共同的母亲偷偷告诉了昌失汗，两人进行了一场小规模的战争，结果是昌失汗失败并且其家人竟然被也孙铁木儿屠杀绝户了。
也孙铁木儿如愿以偿地当上了大汗，但是他一定是一个精神错乱者，因为他一上台，就以他的母亲曾经把自己的阴谋向昌失汗告密为由，而把她的双乳都割去了。
也孙铁木儿汗的在位时间更加短暂。的确，这样一个疯狂和精神错乱的人怎么可能长久地担当汗王大位呢？蒙古人和当地居民群起而攻之。
到了这一时期，都哇汗的后裔们因为时间的推移，如同整个铁木真其他后裔一样，血缘关系仅仅成了合纵联横的条件之一，而汗位的争夺才是真正的目标。
汗权随着答儿失麻里汗和巴赞的斗争以及后来昌失汗和也孙铁木尔的互相残杀，毫无疑问地衰落了，察合台汗国陷入了前所未有的危机。这个时期也是察合台汗国宗教最为混乱的时期，一部分蒙古贵族（主要集中在汗国西部）跟随答儿失麻里汗改信了伊斯兰教，处于汗国经济中心即阿姆河流域、阿尔泰山、天山、帕米尔一带的蒙古人依然笃信着萨满教和藏传佛教，而与蒙元朝廷边地相接的今天中国新疆大部地区的畏兀儿人由于黄金家族一直默许其处于相对独立地位，多数还保留大乘佛教信仰。
不过，在察合台汗国疆土内占有优势地位的突厥文化的复兴，逐渐已经把伊斯兰教逐步渗透到察合台汗国国民中间，并且日益成为不可逆转的潮流。
黄金家族特别是都哇汗后裔们的自相残杀，给沉寂已久的窝阔台系残存势力带来了希望。在察巴尔投降了蒙元朝廷以后，留在中亚的尚有少数窝阔台系人马，他们并没有被察合台汗国和帝国完全消灭。
只是在察合台汗国的强势时期，他们大都冒称察合台系为幌子来保持生存权利。一位叫阿里的窝阔台汗后裔，利用察合台汗权的衰微揭竿而起，一度替代了都哇家族和察合台系的位子（1338-1340年在位，后被杀）。在他之后，都哇汗第一个接班人宽阇的儿子默罕默德（1340年—1341年在位，后被杀）和牙撒兀儿的儿子可赞分别担当过察合台汗国的汗王。
可赞汗于1341年（元惠宗至正元年）成为察合台汗。他是个疑心甚重之人，而且暴虐无比、酷爱杀戮，造成大臣们每日战战兢兢、惶惶然不可终日，在与可赞汗议事前，必定在衣服内套好“裹尸布”并与家人道永别——怕随时因为极小的过错而被杀掉。其实，这时候黄金家族在中亚的势力已经大大衰弱了，可赞汗的屠杀除了其暴戾乖张的本性外，也反映出汗廷与控制了汗国命脉的巴剌鲁斯、朵豁剌惕等部族的矛盾日益尖锐。
1346年（元惠宗至正六年），早年追随铁木真和察合台来到中亚并且已经蒙古-突厥化了的巴剌鲁斯部族，暗中集聚了巨大的能量，他们居然纠集了一支大军公开与可赞汗“叫板”。在阿姆河以北的第一次战役中，可赞汗率领的汗国军队一举击败了叛军，但是并不能完全消灭巴剌鲁斯部族。然而在第二次战役中，可赞汗兵败被杀。
可赞汗被杀是察合台汗国历史上的重大事件，一来是因为可赞汗是察合台汗国分裂为东、西两部分前最后一位统一时代的汗王，二来是汗国的权贵部族第一次敢于以自己的名义与汗王开战并杀死黄金家族成员。
巴剌鲁斯部族用政变推翻可赞汗以后也“做贼心虚”，他们既不敢自己称汗，因为黄金家族与一般蒙古人之间有着不可逾越的界限，所以在可赞汗被杀以后，该部族权臣阻止了其军队对汗室家族的屠杀；也不敢拥立察合台系诸王为汗，生怕日后因为政变杀死可赞汗而遭到报复，于是拥立了窝阔台汗孙子即著名的海都之子塔尼失蛮者为汗，这样，察合台汗国的汗权，从形式上看是到了窝阔台系的手中。
但从塔尼失蛮者汗开始，各路权贵纷纷拥立不同的黄金家族后裔，察合台汗国的分裂已经不可避免了。
