随着历史的发展，现代人在当代科学方法的影响下，越来越不满意阴阳分类、也不满意三因分类，认为这些分类法过于笼统、粗疏，标准不明确，分类方法欠严谨，于是不断有人提出新的分类：
1984年《中医基础理论》将病因分为七类：即六淫、疫疠、七情内伤、饮食劳逸、外伤、痰饮、瘀血；
1987年《中医病因病机学》将病因分为六类：即自然因素（天时、地理、生物因素）、生活因素（饮食、劳逸）、情志因素、体质因素、内生因素（痰饮、瘀血）、其它因素（外伤、中毒、社会因素）。
1987年成肇智也将病因分为六类：时气外感（各种外感病因）、情志过激、饮食不调、劳作失度、外物伤人（外伤和中毒）、先天遗传。
从上面可以看出，后人的病因分类丰富了许多，从三因变成了七类，但是不是分得越细越科学呢？可能未必。
对疾病成因的解释，不同医学可以有不同角度，西医学的病因就与中医大不相同，这是正常的。但不论哪种病因的解释，它必须与所依据的医学理论为基础。中医的医病，无论三分也好，七分也罢，它必须与中医的理论系统配套。否则的话，就不能叫中医病因，而只能叫张三病因，或者李四病因。
那么，中医理论的基础框架是什么呢？我们上面已经说过，人类生命是共生体结构，中医的研究对象并非是肉体的解剖结构，而是藏象生命系统——第二生理系统。所以中医病因的归纳，并不是以肉体解剖系统出发的，而是以第二生理系统为出发点，它是站在第二生理系统的角度来看待疾病，这与我们目前许多人理解的中医病因大不相同。
从上面这个新理论框架去看，我们会意外发现，《黄帝内经》关于病因的分类（阴病阳病），仍是最为科学的病因分类。这种分类，正好与人类的双子星式的生命结构吻合。除此之外，我们还找不到一个更直观、更简明的分类法，它与我们对中医的新定义、新定位恰好吻合，充分体现了“一个核心两个关系”。
因此，《黄帝内经》说病因只能分为阴病和阳病两类，“夫邪之生也，或生于阴，或生于阳。其生于阳者，得之风雨寒暑（宇宙自然）；生于阴者，得之饮食起居，阴阳喜怒（肉体解剖系统）”，已经说得再明白不过了，如果再进一步说明，即阳病从外来，阴病从内来。
这里有一个十分重要的问题：什么是阴阳病呢？根据《黄帝内经》以及我们对内经的理解，大约可以得出下面三种解释：
第一种，凡是病从身体以外来的为阳病，反之为阴病；
第二种，凡是阳经得病为阳病，反之为阴病；
第三种，凡是藏象病为阳病，凡是解剖体形病为阴病。
这三种解释中，表面看起来差别很大，其实仔细研究一下，这三种解释都是一回事，都是从疾病来源的方向上做出的。为什么这样说呢？藏象生命体获得宇宙精气只有两个来源，一是通过自身的经络系统直接从人体以外截获宇宙精气，二是通过解剖形体器官加工宇宙精气，然后通过与之相连的经络输送到藏象中去。这样一来就会具体出现四种情况，而每一种情况又可以包括两种可能性：
1身体外空间中精气来源有误；
A太过
B不及
2由于藏象本身的盛衰问题，导致藏象与精气之间存在生克关系；
A盛——生与克
B衰——生与克
3通过饮食进入人体的宇宙精气本身存在问题（成色、变异）；
A太过
B不及
4被利用的人体器官存在健康问题，导致提取的精气存在质量问题；
A盛——生与克
B衰——生与克
这样一来，中医的疾病理论很符合太极生二仪，二仪生四象，四象演八卦的《周易》精神：藏象生命系统（太极）——阴阳疾病（两仪）——宇宙精气的太过与不及、藏象与被利用器官的盛与衰（四象）——二种来源的太过与不及，两种主体的盛衰生克（八卦）。由此我们还可以将每一项细分为八个小方面，例如，当宇宙空间精气太过时，会出现藏象盛时的生、盛时的克，衰时的生、衰时的克四种情况；当宇宙空间精气不及时，同样会出现盛时的生、盛时的克，衰时的生、衰时的克四种情况。诸种变化恰恰合为64卦之数。
如果我们再回头看一下从宋代以后乃至现代的病因分类，就会感觉到有点别扭，有画蛇添足之嫌，甚至是南辕北辙。当我们自作聪明，而将病因划分为六类或者七类的时候，那仅仅是从人类解剖系统来考虑病因，受到西医理论的影响。表面上看是进步了，其实已经背离了中医的完整理论系统。
因此写下中医“阴阳”这两个字的人是圣人，圣人无过。从中医立足的角度讲，圣人写下的句句是真理，问题在于我们是否能全部理解。当我们不理解的时候，最好也不要指责圣人，也可能是我们站错了位置，看不到圣人们已经看到的东西。
大家知道，现代医学对于疾病的分类，完全是按照身体的部位和症状来区分，比如说五十种常见的疾病就是按此来分类，如鼻、喉、肺及胸部常见的疾病有：过敏、气喘、鼻窦炎、感冒、流行性感冒、喉咙炎、喉咙痛、急性支气管炎；胃、腹部及消化系统常见的疾病有：恶心和呕吐、腹泻、便秘、痔疮、胃溃疡与胃炎、胃病所引起的胸闷或上腹部不舒服、肠躁症胀气与胀痛，等等。这种分类有一个好处，那就是简单明了而且十分具体。
因此讨论到这里，我们又遇到了一个极为重要的问题，那就是中医为什么要从疾病的来源上区分疾病呢？关于这个问题，由于《内经》中没有明确说明，我们只能推测。
首先，它证明了我们的假设是正确的。中医是以藏象生命为核心的医学，它的疾病分类中没有考虑形体的因素，因为藏象生命结构与解剖形体差异甚大，不能以形体的部位来划分疾病。同时，藏象生命与形体生命生理功能不同，也不能按疾病的症状来分类。
其次，它说明疾病的基本原因。现代医学中的病因有很多，如高血脂的原因基本上有两条，高胆固醇、高甘油三酯；过敏性鼻炎的病因就更多了，有花粉、有粉尘、有化妆品等等。中医用疾病的来源，一下子就指明了病因。天下病虽然种类众多，但都是不正常的宇宙之精惹的祸，具有去繁就简之效。
第三，通过这种区分法也指明了病位及治疗原则。阳病是病邪主要侵犯阳经中的阴气部分，而阴病则是病邪主要侵犯阴经中的阳气部分，由此也指明了一条治病的原则，那就是“阳病治阴，阴病治阳”。
（第三节）什么是阳病？
如果我们关于“藏象生命”的假设是正确的，那么就可以设想这样一个场景：在远离太阳系的仙女座大星云中，一颗比太阳还大百倍的恒星燃尽了它内部最后一点能量，炽热的气体开始脱离引力向外膨胀，从远处看，它变成了一颗巨大的红巨星，吞噬了它所有的行星。突然，这颗红巨星发生了爆炸，它附近的行星也被巨大的爆炸撕成了碎片，不可思议的能量裹挟着星际物质，冲破它所有星系的引力，向四处传播。
不知过了多少年，地球上突然爆发了一场流感（也可能是其他传染病），许多人为此失去了生命。病理学家将这些流感病毒取回化验，发现它们是一种很普通的流感病毒，但是他们并不知道为什么这种病毒会引发这样大的一场灾难。
凡是没有通过解剖形体，直接作用于藏象系统，从而引发的疾病都为阳病。藏象经络系统，负有直接从空间吸取宇宙精气的重任，当不正常的宇宙精气，直接作用于经络而引发的疾病，即为阳病。
感冒，在中医里就被称为阳病，在张仲景的《伤寒论》中属于太阳病，其主要症状是脉浮、头项强痛、恶寒、发热等，太阳经脉从头走足，行于人的背部，太阳经出了问题，就会头项强痛。凡是阳病者多有发热的现象，这是因为藏象系统自我调节机制在起作用，阳气奋力将病邪驱逐出系统外，故而人会感到有热象。
不要认为我们上面假设的场景象科幻小说，其实它正是千百年来中医病因缺的一环。理解中医不能将眼光局限在地球系统，甚至是太阳系系统，而要有宇宙的眼光。
六气与六淫
中医认为，阳病都来自身体以外，即是指我们地球以外的宇宙空间，故言“其生于阳者，得之风雨寒暑”，指的就是天之六气，即风、寒、暑、湿、燥、火。我们在“五运六气”一节中已经说明，这六气并非指地球气候的变化，而是指宇宙中的精气，它本身并没有好坏之分。但对于我们人类藏象系统的五藏而言，有接收的好与坏。当接收好的时候，我们称它们为“六气”，当接收不好的时候，我们则称它们为“六淫”。
在这里，我们再一次强调，“天之六气”绝对不是地球大气环流中的六种气候类型，而是宇宙精气的六种状态。
对精气本身而言，它由于来的时间、空间的不同，会呈现出对人有利或者有害的一面。
对藏象生命体不利的宇宙精气属于不正常的气，《内经》称“至而至者和（该来的气来了，称为和）；至而不至，来气不及（该来的气没有来，称为不及）；未至而至，来气有余也（不该来的气却来了，称为有余）”我们将不正常的宇宙精气总结为下面三种：
（1）来的时间不正常的气，应该夏至来的气，偏偏推迟了节气；
（2）来的方位不正常的气，本应从东来，偏偏从东南来；
（3）来的多少不正常的气，来的多称为太过，来的少称为不及。
这些对人不利的宇宙精气（即没有被或者不能被第二生理系统加工过的宇宙精气），在病理上被称为邪气，或者称六淫气，它从每天开合的经络穴位进入第二生理系统中，也就是从体表进入体内。
《内经》将阳病统称为伤寒，因为伤寒都是由外感时邪引发的病症，《难经》说：“伤寒有五，有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病。”这五类病，基本与天之六气相应。后来张仲景将这一思想进一步系统完善，最终写成了《伤寒论》一书。
人体五藏有盛衰之分，宇宙精气也有太过与不及之分。当六淫气（太过与不及之气）侵入藏象系统后，在本藏盛衰的先决条件之下，病一般发于衰藏，首当其冲是天刑之藏，其次是不和、小逆之藏。当然，六淫气入侵，是通过经络系统侵入五藏的，因此病首见于经络之疾病，然后渐次深入，侵入五藏。
同样，当我们大幅度改变自己空间位置的时候，也可以影响到宇宙精气对人体的关系，从而导致疾病的产生。例如，宇航员在进入轨道以后，相对于地表的位置发生了很大的改变，也就改变了人与宇宙精气的相互关系，所以宇航员会患十分严重的空间运动病，临床表现为食欲减退、精神不振、头痛、恶心、呕吐等。据调查，前苏联宇航员的空间运动病患病率在50%左右。
从中医的角度讲，这是阳病，是因为我们自动改变了空间位置，也就改变了人与宇宙精气的关系，从而导致此种疾病的发生。目前西方一般采用胆碱药——东莨菪碱，其实这是一种中药，早在800年前宋代的《本草图经》内就有记载，它可以改变阴虚火旺等体能状态。航天工业是上个世纪的新生事物，中国古代人不太可能有失重状态下身体的各种反应经验，因此按道理中医学也不可能治疗由于航天引发的人体疾病。但事实却正好相反，中医临床学可以治疗这类疾病。因为此类疾病恰好处于中医阳病因之下，符合中医的理论框架。
同样的道理，当我们在地球表面的某一点大幅度改变了某种物理环境，也可以影响到人与宇宙精气的关系，它产生的疾病同样可以划归阳病的范畴。例如，1945年8月，美国为了尽快结束第二次世界大战，也为了实验新型原子弹的性能，在日本投下了二颗原子弹。原子弹的物理性质属于核聚变反映，它能在瞬间产生强大的能量，在能量波及的范围内，宇宙的正常精气被改变，人也就患上了相应的辐射病。这也属于中医的阳病范畴，中医是能够治疗此类疾病的。事实证明，原子弹爆炸产生了强大的辐射，严重影响了劫后余生人的健康，许多人得了白血病及其它源于强辐射的疾病。战后，在西医治疗效果不佳的情况下，许多人开始用中医治疗，结果效果都不错。
中国古代绝对没有航天飞机和原子弹，这一点是肯定的，但古代人发明的中医却可以治疗这种新的疾病。因为中医不是单纯从肉体考虑健康，而是从第二生理系统与宇宙自然的关系中考察健康，航天飞行与原子弹都在某种程度改变了人体藏象与宇宙精气，恰好处于中医的理论框架之内。所以，中医的理论体系具有无限的伸缩性。
在目前的中医实践中，疗效不稳定、不确切是个大问题，它阻碍了中医的进一步发展。究其原因，不能不说与运气学有很大的关系。现在许多中医师在讲述病因时，很少有人去考虑宇宙精气与人体疾病的关系，这就意味着我们舍去了一个中医病因，在治疗上必然会缺少一个途径，原本是藏象系统的疾病，被当成了生理解剖系统的疾病来治，这是中医疗效不稳定、不确定的原因之一。
清人吴菊通曾著《温病条辩》一书，被列为中医的四大名著之例。其实吴氏著此书完全没有必要。且不说本书论病无有创意，从中医的理论来说，无论病源自阳还是源自阴，结果都是藏象系统显示疾病，以六经统病也好，以三焦统病也罢，实质上并无差别，有张仲景《伤寒论》足矣，用不着吴氏来画蛇添足。
阴阳病的辩证法
我们曾反复讲，全世界辩证法的老祖宗在中国，西方是没有辩证法的，像黑格尔之流的辩证法，只不过是炒炒中国的冷饭而已。比如说，中医里面就充满了辩证法，稍不留神，就会走到歪路上去。
我们上面讲过，阳病有两个重要特征，一是阳病得之外，“得之风雨寒暑”，因为从经络的层次上看，阳经一般走头部，在人体的最外表，比如太阳经就是阳经最外面的经络，所以外来的病邪首先侵入的就是太阳经，然后才渐次深传；二是从症状上说“发热恶寒者发于阳”，也就是说，阳病大多数伴有热证。
但中医是辩证的，“阴病阳病”的分类只是基于人有两套生命这个大体系之下，因此我们绝不可能机械地将凡是外入的病邪都称为阳病。其实外来病邪侵入阳经后又可再分阴阳。为什么呢？
大家知道，脉中有血有气，但经络中却只有气而没有血，而经络中的气是一分为二的，那就是阴气和阳气。举个例子，一个管道里有热水，水温不足100度，只有40度，刚摸着不烫手的温度。那么从理论上来说，热水和凉水就可以截然分开，比如热水36度，凉水4度，混合在一起是40度。在理论上，任何一条经络，不论是阴经还是阳经，它的经气构成都与水管中的热水相似。
因此当外邪侵入阳经的时候，并不是只侵害阳经中的阳气部分，它同样也侵害阳经中的阴气部分，不过在叫法上，我们将其统称为阳病而已。同样，当内邪侵入时，也可以即病阴经中的阳气部分，也可发病于阴经中的阴气部分。